R语言 annotate包 blastSequences()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

blastSequences(annotate)
blastSequences()所属R语言包：annotate

                                         Run a blast query to NCBI for either a string or an entrez gene ID and then return a series of MultipleAlignment objects.
                                         运行高炉查询到NCBI为一个字符串或Entrez基因ID，然后返回一系列MultipleAlignment对象。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function sends a query to NCBI as a string of sequence or an entrez gene ID and then returns a series of MultipleAlignment objects.
此功能将查询发送到NCBI作为一个序列或Entrez基因ID字符串，然后返回一系列MultipleAlignment对象。


用法----------Usage----------


  blastSequences(x, database, hitListSize, filter, expect, program)



参数----------Arguments----------

参数：x
A sequence as a character vector or an integer corresponding to an entrez gene ID.  
作为一个特征向量或Entrez基因身份证对应一个整数序列。


参数：database
Which NCBI database to use.  
NCBI数据库中使用。


参数：hitListSize

参数：filter

参数：expect
How many hits do you hope to get back, this will put a limit on the amount.  
多少点击你希望取回，这将限制金额。


参数：program
Which program do you want to use for blast.  Default value is blastn.  
你想要哪个程序使用爆炸。 BLASTN默认值。


Details

详情----------Details----------

Right now the function only works for "blastn".
现在的功能只适用于“同源性”。


值----------Value----------

a series of MultipleAlignment objects of the appropriate type.
了一系列适当类型MultipleAlignment对象。


作者（S）----------Author(s)----------



M. Carlson




举例----------Examples----------


## x can be an entrez gene ID[＃x可以是Entrez基因ID]
blastSequences(17702)

## or x can be a sequence[＃x可以是一个序列]
blastSequences(x = "GGCCTTCATTTACCCAAAATG")

## hitListSize does not promise that you will get the number of matches you[＃hitListSize不答应，你会得到你的比赛数量]
## want..  It will just try to get that many.[＃想......它只是试图让许多。]
blastSequences(x = "GGCCTTCATTTACCCAAAATG", hitListSize="20")

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注：
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