R语言 seriation包 pimage()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

pimage(seriation)
pimage()所属R语言包：seriation

                                        Permutation image plot
                                         排列图像绘图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Provides methods for plotting image plots for  matrix and dist objects given a permutation.
提供方法绘制的影像显示矩阵和dist对象的一个置换。


用法----------Usage----------


pimage(x, order = NULL, col = NULL, main ="", xlab = "", ylab = "", axes = TRUE, ..., newpage=TRUE, pop=TRUE)

## S3 method for class 'matrix'
pimage(x, order=NULL, col=NULL, main="", xlab="", ylab="",
        axes=TRUE, ..., newpage=TRUE, pop=TRUE)
## S3 method for class 'dist'
pimage(x, order = NULL, col = NULL, main="", xlab="", ylab="",
        axes = TRUE, upper.tri = TRUE, lower.tri = TRUE, ...,
                newpage=TRUE, pop=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x
a matrix or an object of class dist.
矩阵或一个对象类dist。


参数：order
an object of class ser_permutation. If NULL the order  in x is plotted.
对象类ser_permutation。如果NULL的顺序x的绘制。


参数：col
a list of colors used. If NULL, a gray scale is used (for matrix larger values are displayed darker and for dist smaller distances are darker). For matrices containing logical data, black and white is used.
所使用的颜色的列表。如果NULL，一个灰度等级使用（用于矩阵较大的值被显示的颜色较深为dist较小的距离较暗）。对于矩阵包含逻辑数据，使用黑色和白色。


参数：main
Plot title.
图称号。


参数：xlab, ylab
labels for the x and y axes.
标签的x轴和y轴。


参数：axes
a logical indicating whether to add axes using the labels of x. The default value (TRUE) shows only axes if the dimension is below 10 (so it is reasonable to show labels).
一个逻辑指示是否添加轴的标签x。默认值（TRUE）只显示轴的尺寸是10（所以它是合理的，显示标签）以下。


参数：upper.tri, lower.tri
a logical indicating whether to show the upper or lower triangle of the distance matrix.
一个逻辑指示是否要显示的距离矩阵的上部或下部的三角形。


参数：...
further arguments passed on to image in graphics.
进一步的参数传递给imagegraphics。


参数：newpage, pop
two logical. Start plot on a new page and pop the viewports after plotting (see Grid).
两个逻辑。开始一个新的页面和弹出后绘制视口（网格）的图。


Details

详细信息----------Details----------

Plots a matrix in its original row and column orientation. This means, in a plot the columns become the x-coordinates and the reversed rows the y-coordinates.
图解在其原始的行和列方向的矩阵。这意味着，在一个图列将变成x坐标和的反转的行的y坐标。

If x is of class dist it is converted to full-storage representation before plotting.
x如果类dist它打印之前，转换成完整的存储表示。


（作者）----------Author(s)----------


Christian Buchta and Michael Hahsler



实例----------Examples----------


x <- matrix(sample(c(FALSE, TRUE), 150, rep=TRUE), ncol=10)

## matrix[＃矩阵]
pimage(x, main = "random data")

## plot seriated matrix[＃绘制系列化矩阵。]
pimage(x, seriate(x), col = c("white", "green"), main = "reordered data")

## distances[＃距离]
d <- dist(x, method = "binary")
pimage(d, lower.tri = FALSE)

pimage(d, seriate(d), lower.tri = FALSE)

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