write.fasta(seqinr)
write.fasta()所属R语言包：seqinr
Write sequence(s) into a file in fasta format
FASTA格式的文件中写序列（S）
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Writes one or more sequences into a file in FASTA format.
写入FASTA格式到一个文件中的一个或多个序列。
用法----------Usage----------
write.fasta(sequences, names, file.out, open = "w", nbchar = 60)
参数----------Arguments----------
参数：sequences
A DNA or protein sequence (in the form of a vector of single characters) or a list of such sequences.
的DNA或蛋白质序列（在一个向量的单个字符的形式），或这样的序列的列表。
参数：names
The name(s) of the sequences.
的名称（s）的序列。
参数：nbchar
The number of characters per line (default: 60)
每行的字符数（默认值：60）
参数：file.out
The name of the output file.
的输出文件的名称。
参数：open
Mode to open the output file, use "w" to write into a new file, use "a" to append at the end of an already existing file.
模式打开输出文件，使用“W”写入到一个新的文件，请使用“a”到附加在一个已经存在的文件。
值----------Value----------
none.
没有。
（作者）----------Author(s)----------
A. Necsulea
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
read.fasta
read.fasta
实例----------Examples----------
## Read 3 sequences from a FASTA file:[＃读取3个序列从FASTA文件：]
ortho <- read.fasta(file = system.file("sequences/ortho.fasta", package =
"seqinr"))
## Select only third codon positions:[只选择密码子第三位置：]
ortho3 <- lapply(ortho, function(x) x[seq(from = 3, to = length(x), by = 3)])
## Write the 3 modified sequences to a file:[＃写的3到一个文件的修改序列：]
write.fasta(sequences = ortho3, names = names(ortho3), nbchar = 80, file.out = "ortho3.fasta")
## Read them again from the same file and check that sequences are preserved:[＃从同一个文件中读一遍，检查序列被保留：]
ortho3bis <- read.fasta("ortho3.fasta", set.attributes = FALSE)
stopifnot(identical(ortho3bis, ortho3))
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-9-30 01:26:56
