R语言 seqinr包 words.pos()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

words.pos(seqinr)
words.pos()所属R语言包：seqinr

                                         Positions of possibly degenerated motifs within sequences
                                         可能退化的图案内的序列位置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

word.pos searches all the occurences of the motif pattern within the sequence text and returns their positions. This function is based on regexp allowing thus for complex motif searches. The main difference with gregexpr is that non disjoint matches are reported here.
word.pos搜索所有出现的主题pattern序列内text和返回自己的立场。此功能是基于regexp从而使复杂的主题搜索。 gregexpr的主要区别是不相交匹配的报道。


用法----------Usage----------


words.pos(pattern, text, ignore.case = FALSE,
                      perl = TRUE, fixed = FALSE, useBytes = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：pattern
character string containing a regular expression (or character string for fixed = TRUE) to be matched in the given character vector.
字符串，它包含一个正则表达式（或字符串为fixed = TRUE）在给定的字符向量相匹配。


参数：text
a character vector where matches are sought.  
字符向量匹配的要求。


参数：ignore.case
if FALSE, the pattern matching is case sensitive and if TRUE, case is ignored during matching.
如果FALSE，模式匹配是大小写敏感的，如果TRUE，情况在匹配过程中忽略。


参数：perl
logical. Should perl-compatible regexps be used if available? Has priority over extended.
逻辑。 Perl兼容的正则表达式（如果可用）？有优先extended。


参数：fixed
logical. If TRUE, pattern is a string to be matched as is. Overrides all conflicting arguments.
逻辑。如果TRUE，模式匹配，是一个字符串来。覆盖所有冲突的论点。


参数：useBytes
logical. If TRUE the matching is done byte-by-byte rather than character-by-character.
逻辑。如果TRUE匹配的是字节，字节，而不是字符的字符。


参数：...
arguments passed to regexpr.
参数传递到regexpr。


Details

详细信息----------Details----------

Default parameter values have been tuned for speed when working biological sequences.
默认参数值已调整的速度工作时，生物序列。


值----------Value----------

a vector of positions for which the motif pattern was found in the sequence text.
一个向量位置的主题pattern发现序列中的text。


（作者）----------Author(s)----------


J.R. Lobry



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

regexpr
regexpr


实例----------Examples----------


myseq <- "tatagaga"
words.pos("t", myseq)   # Should be 1 3[应该是1 3]
words.pos("tag", myseq) # Should be 3[应该是3]
words.pos("ga", myseq)  # Should be 5 7[应该是5 7]
# How to specify ambiguous base ? Look for YpR motifs by[如何指定歧义的基础？看的YPR图案的]
words.pos("[ct][ag]", myseq) # Should be 1 3[应该是1 3]
#[]
# Show the difference with gregexpr:[示区别与gregexpr：]
#[]
words.pos("toto", "totototo")           # 1 3 5 (three overlapping matches)[1 3 5（3个重叠的匹配）]
unlist(gregexpr("toto",  "totototo")) # 1 5    (two disjoint matches)[1 5两个不相交的（比赛）]

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