R语言 seqinr包 test.li.recstat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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test.li.recstat(seqinr)
test.li.recstat()所属R语言包：seqinr

                                        Tests if regions located between Stop codons contain putative CDSs.
                                         测试如果终止密码子之间的区域包含公认的信用违约掉期。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This test uses rows (windows) factor scores computed by recstat in order to
本次测试使用的行（窗口），以计算因子得分的recstat


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：rec
list of elements returned by recstat function.
recstat函数返回的元素的列表。


参数：fac
axis of the CA to use for test (4 ≥ fac ≥ 1).
轴的CA进行测试时使用（4≥fac≥ 1）。


参数：length.min
minimal length between two Stop codons.
两个终止密码子之间的最小长度。


参数：stop.max
threshold for Stop codons relative position in a window to determine if this window can be used for test computation.
停止密码子，在一个窗口中的相对位置，以确定可以用于测试计算如果此窗口的阈值。


参数：direct
a logical for the choice of direct or reverse strand.
一个逻辑选择正向或反向链。


参数：level
p-value threshold for t-test.
t检验的p值阈值。


Details

详细信息----------Details----------

The test is computed for all regions between two Stop codons separated by at least length.min nucleotides, this for the three possible reading frames of a DNA strand. For each region considered, two t-tests are computed for comparing the mean of the factor scores of the windows from the reading frame in which the region is located with the means of the factor scores from the corresponding windows in the two other reading frames. If both t-tests reject the null hypothesis of means equality, then there is a good probability that a CDS is located in the region.<br>
该试验是由至少length.min个碱基，这两个分开的停止密码子的DNA链的三种可能的阅读框架之间的所有区域计算。考虑对于每个区域，两个t-测试，用于比较从读出的帧的窗口中，该区域位于与装置从相应的窗口中的其他两个阅读框的因子得分的因素分数的平均值计算。如果两个t-检验拒绝零假设，意味着平等，然后是一个很好的可能性，CDS位于该区域。<BR>

Inside the first and the last windows of a region submitted to the test, the relative position of the two Stop codons is used to determine if those windows can be used in the analysis. If the first Stop is located within the stop.max fraction of the 5' end of the window, then this window is kept in the analysis. In the same way, if the second Stop is located within the stop.max fraction of the 3' end of the window, this window is also kept in the analysis.
加入提交测试的区域的第一和最后的窗口的相对位置的两个停止密码子的使用，以确定是否这些窗口可以在分析中使用。如果第一站是位于stop.max部分的5端的窗口，那么这个窗口保持在分析中。在相同的方式中，如果位于所述第二停止在stop.max馏分的3末端的窗口之内，此窗口也保持在分析中。


值----------Value----------

The result is returned as a list containing three matrices (one for each reading frame). All matrices have the same structure, with rows corresponding to the regions between two Stop codons. Columns Start and End  give the location of starting and ending positions of the region; Mean i gives the mean of the factor scores for the windows located in the region, this for reading frame i; t(i,j) gives the p-value of the t-test computed between the means from reading frames i and j; and CDS is a binary indicator equal to 1 if a putative CDS is predicted, and to 0 if not.
返回的结果是作为一个列表，其中包含三个矩阵（其中为每个阅读框）。所有矩阵具有相同的结构，与两个停止密码子之间的区域相对应的行。列Start和End的位置开始和结束位置的区域，“Mean i给出的窗口设在该区域的各因子得分的平均，读码框 X>;i给出装置从读帧之间计算的t检验的p-值t(i,j)和i;和j是一个二进制指示器等于1，如果一个假定的CDS预测，和为0，如果不。


（作者）----------Author(s)----------


Clerc, O. and Perriere, G.



参见----------See Also----------

test.co.recstat
test.co.recstat


实例----------Examples----------


## Not run: [＃不运行：]
library(seqinr)
library(ade4)
ff <- system.file("sequences/ECOUNC.fsa", package = "seqinr2")
seq <- read.fasta(ff)
rec <- recstat(seq[[1]], seqname = getName(seq))
test.li.recstat(rec)

## End(Not run)[＃（不执行）]

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