R语言 seqinr包 permutation()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

permutation(seqinr)
permutation()所属R语言包：seqinr

                                        Sequence permutation according to several different models
                                         顺序置换根据几个不同的模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generates a random permutation of a given sequence, according to a given model. Available models are : base, position, codon, syncodon.
生成一个给定的序列的随机排列，根据一个给定的模型。可用的型号有：base，position，codon，syncodon。


用法----------Usage----------


permutation(sequence,modele='base',frame=0,replace=FALSE,prot=FALSE,numcode=1,ucoweight = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：sequence
A nucleic acids sequence  
一个核酸序列


参数：modele
A string of characters describing the model chosen for the random generation  
选择随机生成的字符串的字符描述模型


参数：frame
Only active for the position, codon, syncodon models: starting position of CDS as in splitseq  
仅position，codon，syncodon型号：CDS作为起始位置在splitseq活跃


参数：replace
This option is not active for the syncodon model: if TRUE, sampling is done with replacement  
此选项是不活跃的syncodon模型：如果TRUE，采样完成与更换


参数：prot
Only available for the codon model: if TRUE, the first and last codons are preserved, and only intern codons are shuffled  
codon模型仅适用于：如果TRUE，第一个和最后一个密码子被保留，只实习生密码子洗牌


参数：numcode
Only available for the syncodon model: the genetic code number as in translate.  
仅适用于syncodon模式：遗传密码在translate。


参数：ucoweight
A list of weights containing the desired codon usage bias as generated by ucoweight. If none is specified, the codon usage of the given sequence is used.  
列表包含所需的密码子使用偏好所产生的ucoweight的权重。如果没有指定，密码子使用给定的顺序使用。


Details

详细信息----------Details----------

The base model allows for random sequence generation by shuffling (with/without replacement) of all bases in the sequence.
base模型允许洗牌（有/无更换）的所有序列中的碱基的随机序列生成。

The position model allows for random sequence generation by shuffling (with/without replacement) of bases within their position in the codon (bases in position I, II or III stay in position I, II or III in the new sequence.
position模型允许随机序列生成洗牌（有/无替代他们的位置在碱基内的密码子（I，II或III留在位置碱基）I，II或III在新的序列。

The codon model allows for random sequence generation by shuffling (with/without replacement) of codons.
codon模型允许洗牌（有/无更换随机序列生成）的密码子。

The syncodon model allows for random sequence generation by shuffling (with/without replacement) of synonymous codons.
syncodon模型允许洗牌（有/无更换）同义密码子的随机序列生成。


值----------Value----------

a sequence generated from the original one by a given model
从原来的一个由一个给定的模型生成的序列


（作者）----------Author(s)----------


Leonor Palmeira



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

synsequence
synsequence


实例----------Examples----------


  data(ec999)
  sequence=ec999[1][[1]]

  new=permutation(sequence,modele='base')
  identical(all.equal(count(new,1),count(sequence,1)),TRUE)

  new=permutation(sequence,modele='position')
  identical(all.equal(GC(new),GC(sequence)),TRUE)
  identical(all.equal(GC2(new),GC2(sequence)),TRUE)
  identical(all.equal(GC3(new),GC3(sequence)),TRUE)

  new=permutation(sequence,modele='codon')
  identical(all.equal(uco(new),uco(sequence)),TRUE)

  new=permutation(sequence,modele='syncodon',numcode=1)
  identical(all.equal(translate(new),translate(sequence)),TRUE)

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