R语言 seqinr包 get.ncbi()函数中文帮助文档(中英文对照)

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get.ncbi(seqinr)
get.ncbi()所属R语言包：seqinr

                                         Bacterial complete genome data from ncbi ftp site
                                         细菌的完整基因组数据，从NCBI ftp站点

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Try to connect to ncbi ftp site to get a list of complete bacterial genomes.
尝试连接到NCBI ftp站点得到完整的细菌基因组的列表。


用法----------Usage----------


get.ncbi(repository = "ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/")



参数----------Arguments----------

参数：repository
Where to look for data. The default value is the location of the complete bacterial genome sequences at ncbi ftp repository.  
到哪里找数据。默认值是完整的细菌基因组序列在NCBI FTP库的位置。


值----------Value----------

Returns a data frame which contains the following columns:
返回的数据框包含以下几列：


参数：species
The species name as given by the corresponding folder name in the repository (e.g. Yersinia\_pestis\_KIM).
的种名给予相应的库中的文件夹名称（如耶尔森氏菌\ _pestis \ _KIM）。


参数：accession
The accession number as given by the common prefix of file names in the repository (e.g. NC\_004088).
加入给出的公共前缀库中的文件名（如NC \ _004088）。


参数：size.bp
The size of the sequence in bp (e.g. 4600755).
的碱基序列（例如，4600755）的大小。


参数：type
A factor with two levels (plasmid or chromosome) temptatively deduced from the description of the sequence.
有两个水平的一个因素（质粒或染色体）temptatively推导出的序列的描述。


警告----------WARNING ----------

This function is highly dependant on ncbi ftp site conventions for which we have no control. The ftp connection apparently does not work when there is a proxy, this problem is circumvented here in a rather crude way.
此功能是高度依赖于NCBI ftp站点公约是我们无法控制的。 FTP连接的显然不工作时，有一个代理，这个问题是预防性的，在这里的一个相当粗浅的方式。


（作者）----------Author(s)----------


J.R. Lobry



参考文献----------References----------



实例----------Examples----------


## Not run: bacteria <- get.ncbi()[＃不运行：细菌 -  get.ncbi（）]
## Not run: summary(bacteria)[＃不执行摘要（细菌）]

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