gbk2g2.euk(seqinr)
gbk2g2.euk()所属R语言包:seqinr
Conversion of a GenBank format file into a glimmer-like
到了一丝类似的GenBank格式文件的转换
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function reads a file in GenBank format and converts the features corresponding to CDS (Coding Sequences) into a format similar to glimmer program output. This function is specifically made for eukaryotic sequences, i.e. with introns.
此功能在GenBank格式和读取一个文件转换一丝程序输出类似的格式的CDS(编码序列)对应的功能。此功能是专门为真核与内含子序列,即。
用法----------Usage----------
gbk2g2.euk(gbkfile = system.file("sequences/ame1.gbk", package ="seqinr"),
g2.coord = "g2.coord")
参数----------Arguments----------
参数:gbkfile
The name of the GenBank file
在GenBank文件的名称
参数:g2.coord
The name of the output file
的输出文件的名称
Details
详细信息----------Details----------
This function returns the coordinates of the exons annotated in the GenBank format file.
这个函数返回的外显子的坐标标注在GenBank格式文件。
值----------Value----------
A data frame with three columns will be written to the g2.coord file. The first column corresponds to the name of the gene, given in the GenBank file through the /gene feature. The second and third column contain the start and the stop position of the exon.
将被写入g2.coord文件中有三列数据框。的第一列对应于该基因的名称,鉴于在GenBank文件通过/gene功能。的第二和第三列中包含的开始和停止位置的外显子。
(作者)----------Author(s)----------
J.R. Lobry and A. Necsulea
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
oriloc, gbk2g2
oriloc,gbk2g2
实例----------Examples----------
## Not run: gbk2g2.euk() [#不运行:gbk2g2.euk()]
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注:
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注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
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