R语言 seqinr包 extractseqs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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extractseqs(seqinr)
extractseqs()所属R语言包：seqinr

                                        To extract the sequences information of a sequence or a list of sequence in different formats
                                         要提取的序列在序列的信息，或以不同的格式的列表的序列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function allows to extract large amount of data as whole genome sequences,using different output formats and types of extraction. This function is not yet available for windows.
该功能允许以提取大量的全基因组序列中的数据，使用不同的输出格式和类型的提取。此功能尚未可用于Windows。


用法----------Usage----------



extractseqs(listname,socket = autosocket(), format="fasta",operation="simple",feature="xx", bounds="xx", minbounds="xx", verbose = FALSE, nzlines=1000)
exseq(listname,socket = autosocket(), format="fasta",operation="simple", feature="xx", bounds="xx", minbounds="xx", verbose = FALSE,  nzlines=1000)



参数----------Arguments----------

参数：listname
the name of list on server (may be a virtual list)  
服务器上的列表的名称（也可以是虚拟列表）


参数：socket
an object of class sockconn connecting to a remote ACNUC database (default is a socket to the last opened database).
对象的类sockconn连接到一个的远程ACNUC数据库（默认值是一个socket的最后一个打开的数据库）。


参数：format
the format of output.Can be acnuc, fasta,flat or coordinates  
的格式output.Canacnuc，fasta，flat或coordinates


参数：operation
the type of extraction. Can be  simple, translate, fragment, feature or region   
提取的类型。可以simple，translate，fragment，feature或region


参数：feature
-optional- the feature to be extracted (for operations "feature" or "region"): a feature table item (CDS, mRNA,...)
可选的功能要提取的操作“特征”或“区域”：功能表项目（CDS，mRNA表达，...）


参数：bounds
-optional- the bounds for extraction (for operations "fragment" or "region")  
可选的边界，提取（行动“片段”或“区域”）


参数：minbounds
-optional- the minimal bounds for extraction (for operations "fragment" or "region")  
可选的最小边界提取（行动“片段”或“区域”）


参数：verbose
if TRUE, verbose mode is on
如果TRUE，详细模式是


参数：nzlines
number of line in zlib mode
zlib的模式中的行数


Details

详细信息----------Details----------

To extract a list of sequences (lrank argument) or a single sequence (seqnum argument) using different output formats and types of extraction. All formats except "coordinates" extract sequence data. Format "coordinates" extract coordinate data; start > end indicates the complementary strand.
要提取的列表的的序列（lrank参数）或一个单一的的序列（SEQNUM参数），使用不同的输出格式和类型的提取。 “坐标”以外的所有格式提取序列数据。 “格式”坐标“提取坐标数据;开始>结束表示的互补链。




<STRONG>listname</STRONG> sequence list name.
<STRONG>论坛名称</ STRONG>序列列表的名称。




<STRONG>socket</STRONG> a socket of class connection and sockconn returned by choosebank.
<STRONG>插座</ STRONG>choosebank返回类连接和sockconn的一个插座。




<STRONG>format</STRONG> acnuc, fasta, flat or coordinates
<STRONG>格式</ STRONG>acnuc，fasta，flat或coordinates




<STRONG>operation</STRONG> simple, translate, fragment, feature or region
<STRONG>操作</ STRONG>simple，translate，fragment，feature或region




<STRONG>feature</STRONG> (for operations "feature" or "region") a feature table item (CDS, mRNA,...).
<STRONG>功能</ STRONG>（行动“特征”或“区域”）的功能表项（CDS，mRNA表达，...）。




simple each sequence or subsequence is extracted.
简单的每个序列或序列中提取。




translate meaningful only for protein-coding (sub)sequences that are extracted as protein sequences. Nothing is extracted for non-protein coding sequences.
翻译有意义的，只是用于蛋白质的编码（子）被提取作为蛋白质序列的序列。没有中提取的非蛋白编码序列。




fragment Allows to extract any part of the sequence(s) in list. Such part is specified by the bounds and minbounds arguments according to the syntax suggested by these examples:
片段允许提取列表中的序列（S）的任何部分。这样的部分是所指定的边界和minbounds论据，根据这些实施例所建议的语法：




<STRONG>bounds</STRONG> (for operations "fragment" or "region") see syntax above.
<STRONG>界</ STRONG>（行动“片段”或“区域”），请参阅语法。




<STRONG>minbounds</STRONG> same syntax as bounds. When the sequence data is too short for this quantity to be extracted, nothing is extracted. When the sequence data is between minbounds and bounds,
<STRONG> minbounds </ STRONG>界相同的语法。当序列数据太短此要被提取的数量，没有被提取。当序列数据之间minbounds和发展的，


值----------Value----------

Sequence data.
序列数据。


（作者）----------Author(s)----------


S.Penel



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

choosebank,  query getlistrank
choosebank，querygetlistrank


实例----------Examples----------


## Not run: # Need internet connection[＃不运行：＃需要互联网连接]
choosebank("swissprotTP")
query("mylist", "k=globin", virtual = TRUE)
mylist.fasta <- exseq("mylist", verbose = TRUE)
# 103 lines of FASTA [103行FASTA]
stopifnot(length(mylist.fasta) == 103)
closebank()

## End(Not run)[＃（不执行）]

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