R语言 seqinr包 draw.recstat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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draw.recstat(seqinr)
draw.recstat()所属R语言包：seqinr

                                        Graphical representation of a recstat analysis.
                                         的图形表示的recstat分析。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function displays the results returned by recstat with two plots. The first one shows the factor scores of a CA computed on the codon composition of a DNA sequence.
此功能显示两个图的recstat返回的结果。第一个显示的CA上的密码子的组合物中的DNA序列的计算因子得分。


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：rec
list of elements returned by recstat function.
recstat函数返回的元素的列表。


参数：fac
axis of the CA to use for display (4 ≥ fac ≥ 1).
轴的CA用于显示（4≥fac≥ 1）。


参数：direct
a logical for the choice of direct or reverse strand.
一个逻辑选择正向或反向链。


参数：xlim
starting and ending positions in the sequence for the plot.
序列中的图开始和结束位置。


参数：col
vector of colour codes for the three frames of the sequence.
矢量的颜色的三个帧的代码序列。


Details

详细信息----------Details----------

The first plot shows the factor scores of the sliding windows, this for the three possible frames of the strand selected by the user. The second shows the Start (filled grey triangles pointing up) and Stop (solid black triangles pointing down) codons positions. Note that the standard genetic code is used for that purpose. Visual detection of putative CDS is performed through the simultaneous use of these two graphics. If a CDS is located within the sequence, the factor scores for the windows located in the corresponding reading frame will be significantly separated from the two others. Moreover, the region where this separation is seen
第一标绘显示由用户选择的绞合线的三个可能的帧的滑动窗口，此因子得分。第二部分说明开始（填充灰色三角形朝上），停止（固体指向下方的黑色三角形）密码子的位置。请注意，用于上述用途的标准遗传代码。通过同时使用这两个图形推定的CDS进行视觉检测。如果一个CDS位于在序列内的，位于在相应的读码框的窗口的因子得分将显著从其他两个分离。此外，这种分离的区域被看作


（作者）----------Author(s)----------


Clerc, O. and Perriere, G.



参见----------See Also----------

test.li.recstat, test.co.recstat
test.li.recstat，test.co.recstat


实例----------Examples----------


## Not run: [＃不运行：]
library(seqinr)
library(ade4)
ff <- system.file("sequences/ECOUNC.fsa", package = "seqinr2")
seq <- read.fasta(ff)
rec <- recstat(seq[[1]], seqname = getName(seq))
draw.recstat(rec)

## End(Not run)[＃（不执行）]

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