R语言 seqinr包 draw.rearranged.oriloc()函数中文帮助文档(中英文对照)

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draw.rearranged.oriloc(seqinr)
draw.rearranged.oriloc()所属R语言包：seqinr

                                        Graphical representation for rearranged nucleotide skews in
                                         重新排列核苷酸倾斜的图形表示

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Graphical representation for rearranged nucleotide skews in
重新排列核苷酸倾斜的图形表示


用法----------Usage----------


draw.rearranged.oriloc(rearr.ori, breaks.gcfw = NA, breaks.gcrev = NA, breaks.atfw = NA, breaks.atrev = NA)



参数----------Arguments----------

参数：rearr.ori
A data frame obtained with the rearranged.oriloc function.  
一个数据框获得rearranged.oriloc功能。


参数：breaks.gcfw
The coordinates of the breakpoints in the GC-skew, for forward transcribed protein coding sequences. These coordinates can be obtained with the extract.breakpoints function.  
GC-歪斜，正向转录蛋白质编码序列的坐标中的断点。这些坐标可以得到与extract.breakpoints功能。


参数：breaks.gcrev
The coordinates of the breakpoints in the GC-skew, for reverse transcribed protein coding sequences. These coordinates can be obtained with the extract.breakpoints function.  
GC-歪斜，反转录蛋白质编码序列的坐标中的断点。这些坐标可以得到与extract.breakpoints功能。


参数：breaks.atfw
The coordinates of the breakpoints in the AT-skew, for forward transcribed protein coding sequences. These coordinates can be obtained with the extract.breakpoints function.  
AT偏差，正向转录蛋白质编码序列的坐标中的断点。这些坐标可以得到与extract.breakpoints功能。


参数：breaks.atrev
The coordinates of the breakpoints in the AT-skew, for reverse transcribed protein coding sequences. These coordinates can be obtained with the extract.breakpoints function.  
AT-歪斜，反转录蛋白质编码序列的坐标中的断点。这些坐标可以得到与extract.breakpoints功能。


（作者）----------Author(s)----------


Jean R. Lobry and A. Necsulea



参考文献----------References----------

Effect of Replication on DNA Base Composition Asymmetry. Molecular Biology and Evolution, 24:2169-2179.

参见----------See Also----------

rearranged.oriloc,
rearranged.oriloc，


实例----------Examples----------



## Not run: [＃不运行：]
### Example for Chlamydia trachomatis ####[沙眼衣原体＃＃＃＃＃＃示例]

### Rearrange the chromosome and compute the nucleotide skews ###[＃＃＃＃＃＃重新排列的染色体，并计算核苷酸倾斜]

r.ori <- rearranged.oriloc(seq.fasta = system.file("sequences/ct.fasta", package = "seqinr"),
    g2.coord = system.file("sequences/ct.coord", package = "seqinr"))

### Extract the breakpoints for the rearranged nucleotide skews ###[＃＃提取断点重新排列的核苷酸倾斜＃＃＃]

breaks <- extract.breakpoints(r.ori, type = c("gcfw", "gcrev"), nbreaks = c(2, 2), gridsize = 50, it.max = 100)

### Draw the rearranged nucleotide skews and place the position of the breakpoints on the graphics ###[＃＃绘制的重排核苷酸的歪曲和放置断点的位置上的图形＃＃＃]

draw.rearranged.oriloc(r.ori, breaks.gcfw = breaks$gcfw$breaks, breaks.gcrev = breaks$gcrev$breaks)
## End(Not run)[＃（不执行）]

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