R语言 seqinr包 draw.oriloc()函数中文帮助文档(中英文对照)

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draw.oriloc(seqinr)
draw.oriloc()所属R语言包：seqinr

                                        Graphical representation for nucleotide skews in
                                         核苷酸倾斜的图形表示

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Graphical representation for nucleotide skews in
核苷酸倾斜的图形表示


用法----------Usage----------


  xlab = "Map position in Kb",
  ylab = "Cumulated combined skew in Kb", las = 1, las.right = 3,
  ta.mtext = "Cumul. T-A skew", ta.col = "pink", ta.lwd = 1,
  cg.mtext = "Cumul. C-G skew", cg.col = "lightblue", cg.lwd = 1,
  cds.mtext = "Cumul. CDS skew", cds.col = "lightgreen", cds.lwd = 1,
  sk.col = "black", sk.lwd = 2,



参数----------Arguments----------

参数：ori
A data frame obtained with the oriloc function.
一个数据框获得oriloc功能。


参数：main
The main title of the plot.
主标题的图。


参数：xlab
The x-axis title.
X轴标题。


参数：ylab
The y-axis title.
Y轴标题。


参数：las
The style of axis labels for the bottom and left axes.
底部和左侧轴的轴标签的样式。


参数：las.right
The style of axis labels for the right axis.
右轴的轴标签的风格。


参数：ta.mtext
The marginal legend for the TA skew.
边际传说的TA歪斜。


参数：ta.col
The color for the TA skew.
的颜色TA歪斜。


参数：ta.lwd
The line width for the TA skew.
该生产线宽度为TA歪斜的。


参数：cg.mtext
The marginal legend for the CG skew.
边际传说的CG歪斜。


参数：cg.col
The color for the CG skew.
颜色的CG歪斜。


参数：cg.lwd
The line width for the CG skew.
CG歪斜的线宽。


参数：cds.mtext
The marginal legend for the CDS skew.
边际传说的CDS歪斜。


参数：cds.col
The color for the CDS skew.
颜色的CDS歪斜的。


参数：cds.lwd
The line width for the CDS skew.
的线宽度为CDS歪斜。


参数：sk.col
The color for the cumulated combined skew.
的颜色结合歪斜的累积。


参数：sk.lwd
The line width for the cumulated combined skew.
的线宽的累积合并歪斜。


参数：add.grid
Logical, if TRUE a vertical grid is added to the plot.
逻辑，如果TRUE垂直网格的图。


参数：...
Further arguments are passed to the function plot.
进一步的参数传递给函数plot。


（作者）----------Author(s)----------


Jean R. Lobry



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

oriloc, rearranged.oriloc,
oriloc，rearranged.oriloc，


实例----------Examples----------


#[]
# Example with Chlamydia trachomatis complete genome[沙眼衣原体完整的基因组示例]
#[]
  ori <- oriloc()
  draw.oriloc(ori)
#[]
# The same, using more options from function draw.oriloc()[同样的，使用更多的选择从功能draw.oriloc（）]
#[]
draw.oriloc(ori,
  main = expression(italic(Chlamydia~~trachomatis)~~complete~~genome),
  ta.mtext = "TA skew", ta.col = "red",
  cg.mtext = "CG skew", cg.col = "blue",
  cds.mtext = "CDS skew", cds.col = "seagreen",
  add.grid = FALSE)


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