dia.bactgensize(seqinr)
dia.bactgensize()所属R语言包：seqinr
Distribution of bacterial genome size from GOLD
从黄金的细菌基因组大小分布
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function tries to download the last update of the GOLD (Genomes OnLine Database) to extract bacterial genomes sizes when available. The histogram and the default density() output is produced. Optionally, a maximum likelihood estimate of a superposition of two or three normal distributions is also represented.
该函数尝试下载最后更新GOLD（基因组在线数据库）中提取细菌的基因组大小。产生的直方图和的默认密度（）输出。任选地，一个叠加的两个或三个的正态分布的最大似然估计，也被表示。
用法----------Usage----------
dia.bactgensize(fit = 2, p = 0.5, m1 = 2000, sd1 = 600, m2 = 4500,
sd2 = 1000, p3 = 0.05, m3 = 9000, sd3 = 1000, maxgensize = 20000,
source = c(system.file("sequences/goldtable15Dec07.txt", package = "seqinr"),
"http://www.genomesonline.org/DBs/goldtable.txt"))
参数----------Arguments----------
参数：fit
integer value. If fit == O no normal fit is produced, if fit == 2 try to fit a superposition of two normal distributions, if fit == 3 try to fit a superposition of three normal distributions.
整数值。如果fit == O不正常合身的生产，如果fit == 2尝试将两个正态分布的叠加，如果fit == 3尝试将3个正态分布的叠加。
参数：p
initial guess for the proportion of the first population.
第一人口比例的初始猜测。
参数：m1
initial guess for the mean of the first population.
第一人口的平均初始猜测。
参数：sd1
initial guess for the standard deviation of the first population.
初始估计的标准偏差的第一人口。
参数：m2
initial guess for the mean of the second population.
所述第二人口平均初始猜测。
参数：sd2
initial guess for the standard deviation of the second population.
第二群的标准偏差的初始猜测。
参数：p3
initial guess for the proportion of the third population.
第三人口比例的初始猜测。
参数：m3
initial guess for the mean of the third population.
第三人口的平均初始猜测。
参数：sd3
initial guess for the standard deviation of the third population.
第三人口的标准偏差的初始猜测。
参数：maxgensize
maximum admissive value in bp for a bacterial genome size: only value less or equal to this threshold are considrered.
considrered的碱基对一个细菌的基因组大小：只值小于或等于这个阈值的最大容许值。
参数：source
the file with raw data. By default a local (outdated) copy is used.
该文件的原始数据。默认情况下，使用当地（过时）的副本。
值----------Value----------
An invisible dataframe with three components:
有一条无形的数据框有三个组成部分：
参数：genus
genus name
属名
参数：species
species names
品种名称
参数：gs
genome size in Kb
基因组大小（KB）
（作者）----------Author(s)----------
J.R. Lobry
参考文献----------References----------
of complete and ongoing genome projects world-wide. Bioinformatics, 15:773-774.<br>
a monitor of genome projects world-wide. Nucleic Acids Research, 29:126-127.<br>
The Genomes On Line Database (GOLD) v.2: a monitor of genome projects worldwide. Nucleic Acids Research, 34 332-D334.<br>
The Genomes On Line Database (GOLD) in 2007: status of genomic and metagenomic projects and their associated metadata. Nucleic Acids Research, in press000-D000.<br>
参见----------See Also----------
density
density
实例----------Examples----------
#[]
# With a local outdated copy from GOLD:[随着当地黄金过期的副本：]
#[]
dia.bactgensize()
#[]
# With last GOLD data:[与去年GOLD数据：]
#[]
## Not run: [＃不运行：]
# Need internet connection[需要互联网连接]
dia.bactgensize(source = "http://www.genomesonline.org/DBs/goldtable.txt")
## End(Not run)[＃（不执行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-9-30 01:16:15
