R语言 seqinr包 caitab()函数中文帮助文档(中英文对照)

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caitab(seqinr)
caitab()所属R语言包：seqinr

                                        Codon Adaptation Index (CAI) w tables
                                         密码子适应指数（CAI）W表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Information about a preferred set of codons for highly expressed genes in three species.
的信息的一个优选的高表达的基因的密码子在三个种集。


用法----------Usage----------


data(caitab)



格式----------Format----------

A data frame with 64 rows for the codons and the following 3 columns:
一个数据框的密码子和3列64行：




ec Escherichia coli
EC大肠埃希氏菌




bs Bacillus subtilis
BS枯草芽孢杆菌




sc Saccharomyces cerevisiae
SC酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）


Details

详细信息----------Details----------

Codons are given by row.names(caitab).
密码子由row.names(caitab)。


源----------Source----------

The data were hard-encoded in  the C program codonW version 1.4.4 writen by John Peden available at http://codonw.sourceforge.net/. The data are from the file codonW.h.  According to this source file, there were no reference for Escherichia coli and Bacillus subtilis and the reference for Saccharomyces cerevisiae was Sharp and Cowe (1991).
数据是硬编码在C程序codonW的版本1.4.4书面上，由约翰·佩登在http://codonw.sourceforge.net/。数据从文件codonW.h。根据这个源文件，有没有提及对大肠杆菌，枯草芽孢杆菌和酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）是夏普和Cowe（1991年）的参考。

It turns out that the data for Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae are identical to table 1 in Sharp and Li (1987) where the missing values for the stop codons are represented here by zeros. All codons were documented by at least one count in both datasets.
事实证明，对大肠杆菌和酿酒酵母是相同的夏普（Sharp）和李（1987）终止密码子的缺失值表示由零表1中的数据。记录所有的密码子，由至少一个在两个数据集的计数。

The data for Bacillus subtilis are from table 2 in Shields and Sharp (1987). Missing values for stops codons are represented as previously by zeros, missing values for single-box amino-acids are represented by 1 here. Note that some codons were undocumented in this dataset and that a 0.5 value in absolute frequencies was already forced to avoid zeros. It is therefore impossible to use directly these data to obtain the exact expected CAI values as documented in cai because of overlapping with documented codons.
枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）的数据，是盾和Sharp（1987）从表2中的。停止密码子的缺失值表示，以前的零，单箱氨基酸的缺失值的1这里表示。请注意，某些密码子中未记录该数据集和一个0.5已经被迫在绝对频率值，以避免零。因此，它是不可能直接使用这些数据，以获取准确的预计中的cai因为重叠记录密码子的CAI值。


参考文献----------References----------

measure of directional synonymous codon usage bias, and its potential applications. Nucleic Acids Research, 15:1281-1295.
reflects both traditional selection and mutational biases.  Nucleic Acids Research, 15:8023-8040.
Synonymous codon usage in Saccharomyces cerevisiae.  Yeast, 7:657-678.
Analysis of codon usage. PhD Thesis, University of Nottingham, UK.


参见----------See Also----------

cai for an example using this dataset to compute CAI values.
cai使用这个数据集来计算CAI值的一个例子。


实例----------Examples----------


  data(caitab)

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注：
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