R语言 seqinr包 amb()函数中文帮助文档(中英文对照)

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amb(seqinr)
amb()所属R语言包：seqinr

                                        Expansion of IUPAC nucleotide symbols
                                         IUPAC核苷酸符号扩展

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function returns the list of nucleotide matching a given IUPAC nucleotide symbol, for instance c("c", "g") for "s".
这个函数返回列表中的核苷酸匹配给定的IUPAC核苷酸的符号，例如c("c", "g") "s"。


用法----------Usage----------


amb(base, forceToLower = TRUE, checkBase = TRUE,
IUPAC = s2c("acgturymkswbdhvn"), u2t = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：base
an IUPAC symbol for a nucleotide as a single character
IUPAC符号的碱基为单个字符


参数：forceToLower
if TRUE the base is forced to lower case
如果为true，碱基被迫以较低的情况下，


参数：checkBase
if TRUE the character is checked to belong to the allowed IUPAC symbol list
如果真被选中的字符属于允许的IUPAC符号列表


参数：IUPAC
the list of allowed IUPAC symbols
允许的IUPAC符号列表


参数：u2t
if TRUE "u" for uracil in RNA are changed into "t" for thymine in DNA
如果真正的“U”改为“T”为胸腺嘧啶在DNA尿嘧啶RNA


Details

详细信息----------Details----------

Non ambiguous bases are returned unchanged (except for "u" when u2t is TRUE).
非暧昧返回碱基不变（U2T是TRUE时，为“U”除外）。


值----------Value----------

When base is missing, the list of IUPAC symbols is returned, otherwise a vector with expanded symbols.
缺少碱基时，IUPAC符号列表，则返回，否则矢量扩展符号。


（作者）----------Author(s)----------


J.R. Lobry



参考文献----------References----------

at: http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/misc/naseq.html


参见----------See Also----------

See bma for the reverse operation.  Use tolower to change upper case letters into
见bma反向操作。使用tolower改变大写字母


实例----------Examples----------


#[]
# The list of IUPAC symbols:[IUPAC符号的列表：]
#[]

amb()

#[]
# And their expansion:[而他们的扩展：]
#[]

sapply(amb(), amb)


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