AAstat(seqinr)
AAstat()所属R语言包:seqinr
To Get Some Protein Statistics
为了得到一些蛋白质统计
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Returns simple protein sequence information including the number of residues, the percentage physico-chemical classes and the theoretical isoelectric point.
返回简单的蛋白质序列信息,包括残留物的数量,百分比的物理 - 化学类和理论等电点。
用法----------Usage----------
AAstat(seq, plot = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数:seq
a protein sequence as a vector of upper-case chars
作为向量的大写字符的蛋白质序列
参数:plot
if TRUE, plots the presence of residues splited by physico-chemical classes along the sequence.
如果TRUE,图存在splited沿该序列的物理化学类的残留物。
值----------Value----------
A list with the three following components:
列表以下三个部分组成:
参数:Compo
A factor giving the amino acid counts.
一个因素的氨基酸计数。
参数:Prop
A list giving the percentage of each physico-chemical classes (Tiny, Small, Aliphatic, Aromatic, Non-polar, Polar, Charged, Positive, Negative).
一个列表,给出的百分比,每个物理化学类(微型,小型,脂肪族,芳香族,非极性,极性,充电,正,负)。
参数:Pi
The theoretical isoelectric point
理论等电点
(作者)----------Author(s)----------
D. Charif, J.R. Lobry
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
computePI, SEQINR.UTIL, SeqFastaAA
computePI,SEQINR.UTIL,SeqFastaAA
实例----------Examples----------
seqAA <- read.fasta(file = system.file("sequences/seqAA.fasta", package = "seqinr"), seqtype = "AA")
AAstat(seqAA[[1]])
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注:
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注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
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