aacost(seqinr)
aacost()所属R语言包：seqinr
Aerobic cost of amino-acids in Escherichia coli and G+C classes
在大肠杆菌中的氨基酸和G+ C类的有氧成本
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The metabolic cost of amino-acid biosynthesis in E. coli under aerobic conditions from table 1 in Akashi and Gojobori (2002). The G+C classes are from Lobry (1997).
氨基酸生物合成的代谢成本在大肠杆菌中，在有氧条件下在明石和Gojobori的（2002）从表1。 G+ C类从Lobry（1997年）。
用法----------Usage----------
data(aacost)
格式----------Format----------
A data frame with 20 rows for the amino-acids and the following 7 columns:
氨基酸和下面的7列20行的数据框与
aaa amino-acid (three-letters code).
AAA氨基酸（三字母代码）。
a amino-acid (one-letter code).
一个氨基酸（单字母代码）。
prec precursor metabolites (see details).
的PREC前体代谢物（见详情）。
p number of high-energy phosphate bonds contained in ATP and GTP molecules.
在ATP和GTP分子的高能磷酸键的p个。
h number of available hydrogen atoms carried in NADH, NADPH,
进行查看的氢原子H编号NADH，NADPH，
tot total metabolic cost assuming 2 high-energy phosphate bonds
tot总代谢成本，假设2个高能磷酸键
gc an ordered factor (l<m<h) for the G+C class of the amino-acid (see details)
gc的一个有序的因子（L <M <小时）的G+ C的氨基酸类（见详情）
Details
详细信息----------Details----------
Precursor metabolites are: penP, ribose 5-phosphate; PRPP, 5-phosphoribosyl pyrophosphate; eryP, erythrose 4-phosphate; 3pg, 3-phosphoglycerate; pep, phosphoenolpyruvate; pyr, pyruvate; acCoA, acetyl-CoA; akg, alpha-ketoglutarate; oaa, oxaloacetate. Negative signs on precursor metabolites indicate chemicals gained through biosynthetic pathways. Costs of precursors reflect averages for growth on glucose, acetate, and malate (see Table 6 in the supporting information from Akashi and Gojobori 2002).<br>
前驱体的代谢物是：penP，核糖-5 - 磷酸; PRPP，5 - 磷酸核糖焦磷酸; eryP，赤藓糖-4 - 磷酸; 3PG，3 - 磷酸甘油酸，肽，磷酸;吡咯，丙酮酸; acCoA，乙酰-CoA; AKG，α-酮戊二酸高龄津贴，草酰乙酸。负号前体的代谢产物表示获得通过生物合成途径的化学品。葡萄糖，乙酸盐，和苹果酸的前体的成本反映平均增长（见表6在支承信息来自明石和Gojobori 2002的）。<br>物理化学学报
The levels l<m<h for the gc ordered factor stand for Low G+C, Middle G+C, High G+C amino-acid, respectively. The frequencies of Low G+C amino-acids monotonously decrease with G+C content. The frequencies of High G+C amino- acids monotonously increase with G+C content. The frequencies of Middle G+C amino-acids first increase and then decrease with G+C content. These G+C classes are from Lobry (1997).<br>
水平L <M <h的gc下令因素，高，中低G+ C G+ C G+ C的氨基酸，分别立场。 Ç氨基酸单调的频率低G+ G+ C含量减少。高G+ C氨基酸的频率单调增加的G+ C含量。与G+ C含量的频率中G+ C的氨基酸首次上升，然后下降。这些的G+ C类是从Lobry（1997年）。<BR>
example(aacost) reproduces figure 2 from Lobry (2004).
example(aacost)再现从Lobry（2004年）的图2。
源----------Source----------
Akashi, H, Gojobori, T. (2002) Metabolic efficiency and amino acid composition in the proteomes of Escherichia coli and Bacillus subtilis. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 99:3695-3700.<br>
明石，H，Gojobori，T.（2002）在大肠杆菌和枯草芽孢杆菌的蛋白质组代谢效率和氨基酸的组成。诉讼的美国国家科学院的美利坚合众国，99:3695-3700。<BR>
Lobry, J.R. (1997) Influence of genomic G+C content on average amino-acid composition of proteins from 59 bacterial species. Gene, 205:309-316.<br>
Lobry，JR（1997年）的平均氨基酸组成的蛋白质，59种细菌的基因组G+ C含量的影响。基因<BR>，205:309-316。
Lobry, J.R. (2004) Life history traits and genome structure: aerobiosis and G+C content in bacteria. Lecture Notes in Computer Sciences, 3039:679-686.
Lobry，JR（2004）的生活史特征和基因组结构：好氧G+ C含量细菌。讲义计算机科学，3039:679-686。
参考文献----------References----------
实例----------Examples----------
data(aacost)
levels(aacost$gc) <- c("low G+C", "mid G+C", "high G+C")
stripchart(aacost$tot~aacost$gc, pch = 19, ylim = c(0.5,3.5),
xlim = c(0, max(aacost$tot)),
xlab = "Metabolic cost (high-energy phosphate bonds equivalent)",
main = "Metabolic cost of the 20 amino-acids\nas function of their G+C class" )
boxplot(aacost$tot~aacost$gc, horizontal = TRUE, add = TRUE)
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发表于 2012-9-30 01:13:12
