R语言 seqCBS包 readSeqELANDPaired()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

readSeqELANDPaired(seqCBS)
readSeqELANDPaired()所属R语言包：seqCBS

                                         Read raw data formatted as in paired ELAND output
                                         读取原始数据，格式化配对ELAND输出

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Read datasets with paired-end format, possible output format of ELAND
读取数据集配对格式，可以输出格式ELAND


用法----------Usage----------


readSeqELANDPaired(filename)



参数----------Arguments----------

参数：filename
The file name of the data set
的数据集的文件名


Details

详细信息----------Details----------

This format has two reads per line, each looking like 'NACGATGAAACCCCGTCTCTACTAACCATACAAAAA hs_ref_chr17.fa 12091150 R        TGTCGCCCAGGCTGCAATGCAGTGGCGCGATCTCGG hs_ref_chr17.fa 12091018 F'. There are 8 columns, 4 for each of the paired read. The first is the actual read sequence, which we discard; the second is the chromosome of the mapped read; the third is the read position; and the last is indicating whether it is a front- or rear- end read. We only use the reads with the same mapped chromosome and only the front read. This contains more information than needed; the Chiang format is prefered.
这种格式有两个内容，每行，每一个看起来像“NACGATGAAACCCCGTCTCTACTAACCATACAAAAA hs_ref_chr17.fa 12091150 12091018ŕTGTCGCCCAGGCTGCAATGCAGTGGCGCGATCTCGG hs_ref_chr17.fa，F。有8列，4为每个成对的读操作。首先是实际读序列，这是我们丢弃;第二个是染色体映射读取;第三是读出的位置和最后是指示它是否是一个前端或后端的读取。我们只用读相同的映射染色体，只有前阅读。这包含更多的信息，需要蒋格式是首选。


值----------Value----------

<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>seqF </td> <td> Read position for each read</td></tr> <tr valign="top"><td>seqChr </td> <td> Chromosome of each mapped read</td></tr> </table>
<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD> seqF </ TD> <TD>阅读位置对每个读</ TD> </ TR> <TR VALIGN =“顶“> <TD> seqChr  </ TD> <TD>染色体的每一个对应的读</ TD> </ TR> </ TABLE>


（作者）----------Author(s)----------



Jeremy J. Shen




参见----------See Also----------

readSeq, readSeqChiang
readSeq，readSeqChiang

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注：
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