R语言 AgiMicroRna包 tgsMicroRna()函数中文帮助文档(中英文对照)

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tgsMicroRna(AgiMicroRna)
tgsMicroRna()所属R语言包：AgiMicroRna

                                         Getting the Total Gene Signal
                                         旅游总基因信号

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function creates an uRNAList containing the TotalGeneSignal computed by the Agilent Feature Extraction software. This signal can be  used for the statistical analysis after a possible normalization step.  
该函数创建一个uRNAList含安捷伦特征提取软件TotalGeneSignal计算。这个信号可以用于统计分析后可能标准化的第一步。


用法----------Usage----------


tgsMicroRna(dd, offset, half, makePLOT=FALSE, verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：dd
uRNAList, containing the output from readMicroRnaAFE  
uRNAList，包含从readMicroRnaAFE输出


参数：offset
integer. To use this option set half = FALSE  
整数。要使用此选项集的一半= FALSE，


参数：half
logical, if TRUE half option is used  
逻辑，如果TRUE一半选项是用来


参数：makePLOT
logical, if TRUE QC plots with the Total Gene Signal are displayed   
逻辑，如果TRUE共有的基因信号的质量控制图显示


参数：verbose
logical, if TRUE prints out some summary results  
逻辑，如果TRUE打印出一些成果汇总


Details

详情----------Details----------

The function creates a uRNAList oobject that contains in the uRNAList$TGS, uRNAList$TPS,  uRNAList$meanS & uRNAList$procS the Total Gene Signal (TGS)  as computed by the Agilent Feature Extraction algorithms. This TGS is not in log2 scale. All the replicated genes have the same estimated TGS, and the function simply picks one gene from each set  of replicated genes. To mantain the format of the uRNAList, every selected gene  retains a probe name attach to them. This probe name is not meaningful any more,   since the signal corresponds to the total gene signal and not to the probe signal.  The TGS processed by AFE contains some negative values. To get signals with positive values  we can either add a positive small constant to all the signals (offset) or         we can select the 'half' option, which set to 0.5 all the values that are smaller than 0.5. To use the offset option we have to set half=FALSE, otherwise the half method is used by default. The offset option, adds to each signal the quantity (abs( min(ddTGS$TGS)) + offset), where ddTGS$TGS is the matrix that contains the TotalGeneSignal.
该函数创建1 uRNAList oobject包含的uRNAList美元TGS的，uRNAList TPS的美元，uRNAList为手段特效美元的共有基因信号（TGS）作为由安捷伦特征提取算法的计算uRNAList。这TGS是不以log2规模。所有复制的基因有相同的估计TGS的，功能简单地拿起从每个组的复制基因的一个基因。到mantain格式的uRNAList，每一个选择的基因保留探针名，对他们的重视。这个探测器的名称是没有意义的，因为信号对应的总基因信号，而不是到探针信号。 AFE，处理的TGS包含一些负值。为了得到正面的价值观的信号，我们可以添加一个积极的小常数，所有的信号（偏移），或者我们可以选择“半”选项，设置0.5所有值小于0.5。使用偏移的选项，我们要设置的一半= FALSE，否则半方法默认情况下使用。偏移选项，添加到每个信号的数量（ABS（分钟（ddTGS美元，TGS））+偏移量），其中ddTGS美元TGS的是矩阵包含的TotalGeneSignal的。


值----------Value----------

uRNAList containing the TotalGeneSignal computed by the Agilent Feature Extraction software  Optionally, it can generate a boxplot, a density plot and a MA plot with the Total Gene Signal.
uRNAList含安捷伦特征提取软件可选TotalGeneSignal计算，，它可以生成一个盒形图，密度图和共有的基因信号与主图。


作者（S）----------Author(s)----------


Pedro Lopez-Romero



参考文献----------References----------

http://www.Agilent.com

举例----------Examples----------


        data(dd.micro)
        data(targets.micro)
        ddTGS=tgsMicroRna(dd.micro,half=TRUE,makePLOT=FALSE,verbose=FALSE)

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