write.eset(Agi4x44PreProcess)
write.eset()所属R语言包:Agi4x44PreProcess
Writes the expression data matrix of an ExpressionSet object in a file
在一个文件中写入一个ExpressionSet对象的表达数据矩阵
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Writes the expression data matrix of an ExpressionSet object in a file.
写入表达数据矩阵的在文件ExpressionSet对象。
用法----------Usage----------
write.eset(eset, ddPROC, annotation.package, targets)
参数----------Arguments----------
参数:eset
An Expression object, normally containing the procesed data
Expression对象,通常包含procesed的数据
参数:ddPROC
An RGList object, normally containing the processed data
一个RGList对象,处理的数据通常包含
参数:annotation.package
a character specifying the AGI annotation package: 'hgug4112a.db','mgug4122a.db'
一个字符指定的AGI注解包:“hgug4112a.db,mgug4122a.db”
参数:targets
data.frame with the targets structure
数据框与目标结构
Details
详情----------Details----------
Writes the expression data matrix of an ExpressionSet object in a file. It also writes out the mappings of the Agilent PROBE ID with the ACCNUM, SYMBOL, ENTREZID and DESCRIPTION fields, using the corresponding annotation package
写入表达数据矩阵的在文件ExpressionSet对象。它还写出了安捷伦探针ID的映射与的ACCNUM,符号,ENTREZID和描述字段,使用相应的注解包
作者(S)----------Author(s)----------
Pedro Lopez-Romero
参见----------See Also----------
build.eset
build.eset
举例----------Examples----------
## Not run: [#无法运行:]
data(dd)
data(targets)
library(hgug4112a.db)
selSNR=which(dd$genes$ControlType==0)
dd.aux=dd[selSNR,]
index=which(duplicated(dd.aux$genes$ProbeName)==FALSE)
dd.aux=dd.aux[index,]
eset.test=build.eset(dd.aux,targets,makePLOT=TRUE,
annotation.package="hgug4112a.db")
write.eset(eset.test,dd.aux,"hgug4112a.db",targets)
## End(Not run)[#结束(不运行)]
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