R语言 Agi4x44PreProcess包 read.AgilentFE()函数中文帮助文档(中英文对照)

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read.AgilentFE(Agi4x44PreProcess)
read.AgilentFE()所属R语言包：Agi4x44PreProcess

                                        Read Agilent Feature Extraction *.txt data files
                                         阅读安捷伦特征提取*。txt的数据文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Read the data files generated by the Agilent Feature Extraction image analysis software
安捷伦特征提取的图像分析软件读取数据生成的文件


用法----------Usage----------


        read.AgilentFE(targets, makePLOT)



参数----------Arguments----------

参数：targets
A data frame that specifies experimental conditions under which each sample has been obtained.   
一个指定实验条件下，每个样品已获得的数据框。


参数：makePLOT
logical, if TRUE the function display boxplots and density plots of foreground 'ProcessedSignal' and 'MeanSignal' and background 'BGMedianSignal' and  'BGUsed'   
逻辑，如果TRUE功能显示盒状图和前景密度图“ProcessedSignal和MeanSignal”和背景“BGMedianSignal和BGUsed


Details

详情----------Details----------

The function reads the *.txt files generated by the  AFE Software using the 'read.maimages' function  of 'limma' package.  
该函数读取*。AFE的软件使用“read.maimages”功能“limma包生成的txt文件。

Data, colected with the Agilent Feature Extraction Software, are stored in a RGList object with the following components:
colected安捷伦特征提取软件，数据，存储在以下组件RGList对象：

'MeanSignal' is the spot Raw mean signal. 'ProcessedSignal' is the signal processed by the AFE software  analysis software (AFE). It contains the  Multiplicatively Detrend Bacground Substracted Signal if detrending option is selected and it helps. If the detrending does not help, the 'ProcessedSignal' will be the Bacground Subtracted Signal. 'BGMedianSignal' is the Median local background signal. 'BGUsed' depends on the AFE settings for the type of background method and the setting for the spatial detrend. Usually, the Background Signal Used is the sum of the local bacground + the spatial detrending surface value computed by the AFE software. To view the values used to calculate this variable using different bakground signals and settings of spatial detrend and global background adjust, see Table 33 on page 213 in the AFE reference guide.
“MeanSignal是现货原料的平均信号。 ProcessedSignal“是AFE软件分析软件（AFE）的处理的信号。它包含加减乘法Detrend的Bacground的信号，如果去趋势选项被选中，它可以帮助。如果去趋势并没有帮助，“ProcessedSignal”将消减Bacground信号。 “BGMedianSignal”是当地的背景信号中位数。 “BGUsed取决于AFE的设置背景的方法和设置的空间detrend的类型。通常情况下，所使用的背景信号是当地bacground + AFE的软件计算的空间去趋势的表面价值的总和。要查看使用的不同bakground信号和空间detrend和全球背景的设置，调整用于计算该变量的值，请参阅第213页表33 AFE的参考指南。

Later, if a BioC annotation package is provided, 'SystematicName', 'GeneName' and 'Description' fields are replaced, respectively,  by the corresponding ACCNUM, SYMBOL and DESCRIPTION obtained from the annotation package.
后，如果BioC注解包提供，“SystematicName，GeneName”和“描述”字段所取代，分别由的相应ACCNUM，符号和注释包得到的描述。


值----------Value----------

An RGList containing:
一个RGList包含：


参数：RGList\$Rf
matrix, 'gProcessedSignal'
矩阵，“gProcessedSignal”，


参数：RGList\$Gf
matrix, 'gMeanSignal'
矩阵，“gMeanSignal”，


参数：RGList\$Rb
matrix, 'gBGMedianSignal'
矩阵，“gBGMedianSignal”，


参数：RGList\$Gb
matrix, 'gBGUsed'
矩阵，“gBGUsed的”


参数：RGList\$targets
data.frame, 'FileName'
数据框，文件名


参数：RGList\$genes\$ProbeName
character, 'AGilent Probe Name'
字符，安捷伦探针名称“


参数：RGList\$genes\$GeneName
character, 'Symbol Gene Name'
字符，符号基因名称


参数：RGList\$genes\$SystematicName
character, 'Systematic Gene Name'
字符，系统化的基因名称


参数：RGList\$genes\$Description
character, 'Gene Description'
字符，基因的描述


参数：RGList\$genes\$Sequence
character, 'Sequence of the 60 mer probe'
字符的60 MER探针的序列“


参数：RGList\$genes\$ControlType
integer, '0'= Feature, '1'= Positive control, '-1'= Negative control
整数，0=功能，1=阳性对照，-1=阴性对照


参数：RGList\$other\$gIsWellAboveBG
matrix, FLAG to classify signal if 'IsWellAboveBG=1' or 'not=0'
矩阵，分类标志信号，如果“IsWellAboveBG = 1或不= 0”


参数：RGList\$other\$gIsFound
matrix, FLAG to classify signal if 'IsFound=1' or 'not=0'
矩阵，信号标志分类如果IsFound= 1或= 0“


参数：RGList\$other\$gIsSaturated
matrix, FLAG to classify signal if 'IsSaturated = 1' or 'not=0'
矩阵，分类标志的信号，如果“IsSaturated = 1或= 0”


参数：RGList\$other\$gIsFeatPopnOL
matrix, FLAG to classify signal if 'IsFeatPopnOL = 0' or 'not=1'
矩阵，信号标志分类如果IsFeatPopnOL= 0或不= 1


参数：RGList\$other\$gIsFeatNonUnifOL
matrix, FLAG to classify signal if 'gIsFeatNonUnifOL = 0' or 'not=1'
矩阵，信号标志分类如果gIsFeatNonUnifOL= 0或不= 1


参数：RGList\$other\$chr\_coord
matrix, chr coordinates for the 60 mer Agilent probe
矩阵，CHR坐标为60 MER安捷伦探针


作者（S）----------Author(s)----------


Pedro Lopez-Romero



参考文献----------References----------

http://www.Agilent.com

参见----------See Also----------

read.targets  dd  targets
read.targetsddtargets


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
        dd=read.AgilentFE(targets,makePLOT=TRUE)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]
        data(dd)

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