R语言 Agi4x44PreProcess包 filter.saturated()函数中文帮助文档(中英文对照)

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filter.saturated(Agi4x44PreProcess)
filter.saturated()所属R语言包：Agi4x44PreProcess

                                          probes.filter (Internal function)
                                         probes.filter（内部函数）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

An internal function to be used by filter.probes
一个内部函数filter.probes


用法----------Usage----------


filter.saturated(ddFILT, limSAT, ManuelaGO, targets, annotation.package)



参数----------Arguments----------

参数：ddFILT
an RGlist object  
RGlist对象


参数：limSAT
for a given feature xi accros samples, is the minimum  in a experimental condition with a saturation-FLAG = 0 (Non Saturated)  
对于一个给定的功能第十一accros样本，是在实验条件下的饱和标志最低= 0（非饱和）


参数：ManuelaGO
logical, if a known annotation package is available then it is TRUE  
逻辑，如果一个已知的注解包是可用的，那么它是TRUE


参数：targets
  data.frame with the target structure  
数据框与目标结构


参数：annotation.package
a character specifying the AGI annotation package: 'hgug4112a.db','mgug4122a.db'   
一个字符指定的AGI注解包：“hgug4112a.db，mgug4122a.db”


Details

详情----------Details----------

It eliminates saturated signals.  The filtering is based on the FLAG given by the AFE as follows: For a feature = xi accross all the samples, we demand that at least p spots for that feature,in at least one experimental condition, had a quantification flag denoting that the signal is not saturated.  AFE produces a Boolean flag indicating whether a spot is saturated  (Flag = 1) or not saturated (Flag = 0). A spot is saturated IF 50 threshold.
它消除了饱和信号。 AFE的如下标志：根据过滤功能=第十一accross所有样品，我们要求至少该功能的P点，至少在一个实验条件下，有量化标志表示该信号不饱和。 AFE产生一个布尔标志，表示一个点是否已经饱和（FLAG = 1）或不饱和（标志= 0）。 50阈值已经饱和，如果A点。


值----------Value----------

An RGlist with probes that are not saturated  (according to the correspondind AFE flag and the filtering options). It also writes an output file (IsSaturated.txt) that contains probes that were saturated.        
与不饱和的探针（根据的correspondind AFE的标志和过滤选项）RGlist。它也可以包含饱和探针的输出文件（IsSaturated.txt）。


作者（S）----------Author(s)----------


Pedro Lopez-Romero



参见----------See Also----------

filter.probes
filter.probes


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
        data(dd)
        data(targets)
        library(hgug4112a.db)
        ddFILT=filter.saturated(dd,75,TRUE,targets,"hgug4112a.db")
        dim(ddFILT)


## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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