R语言 sda包 catscore()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

catscore(sda)
catscore()所属R语言包：sda

                                        Estimate CAT scores and t-scores
                                         估计CAT的得分和t-分数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

catscore computes  CAT scores (correlation-adjusted t-scores) between the group centroids and the pooled mean.
catscore组之间的质心和汇集的平均值计算CAT分数（相关调整后的T值）。


用法----------Usage----------


catscore(Xtrain, L, diagonal=FALSE, shrink=FALSE, verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：Xtrain
A matrix  containing the training data set. Note that  the rows correspond to observations and the columns to variables.
一个矩阵包含训练数据集。需要注意的是行对应于观测值和列的变量。


参数：L
A factor with the class labels of the training samples.  
训练样本的类标签的一个因素。


参数：diagonal
for diagonal=FALSE (the default) CAT scores are computed; otherwise with diagonal=TRUE t-scores.
diagonal=FALSE（默认值）CAT分数计算，否则diagonal=TRUET-分数。


参数：shrink
Use empirical estimates or a shrinkage estimator for the CAT score.
使用经验估计或收缩估计的CAT得分。


参数：verbose
Print out some info while computing.
打印出一些信息，而计算。


Details

详细信息----------Details----------

CAT scores generalize conventional t-scores  to account for correlation among predictors (Zuber and Strimmer 2009). If there is no correlation then CAR scores reduce to t-scores.  The squared CAR scores provide a decomposition of Hotelling's T^2 statistic.
CAT得分推广传统的t值占预测因子之间的相关性（朱伯和Strimmer 2009）。如果不存在相关性，则CAR分数减少到t-分数。平方的的CAR分数提供霍特林的T ^ 2统计量的分解。

CAT scores for two classes are described in Zuber and Strimmer (2009), for the multi-class case see Ahdesm\"aki and Strimmer (2010).
CAT两个班的成绩是在尤伯和Strimmer（2009年），为多级的情况下看到Ahdesm \“AKI和Strimmer的（2010）。


值----------Value----------

catscore returns a matrix containing the cat score (or t-score) between  each group centroid and the pooled mean for each feature.
catscore返回一个矩阵包含的猫分数（或T分数），各组间的质心，合并平均每个功能。


（作者）----------Author(s)----------



Verena Zuber, Miika Ahdesm\"aki and Korbinian Strimmer (<a href="http://strimmerlab.org">http://strimmerlab.org</a>).




参考文献----------References----------

using cat scores and false non-discovery rate control. Ann. Appl. Stat. 4: 503-519. Preprint available from http://arxiv.org/abs/0903.2003.
Bioinformatics 25: 2700-2707. Preprint available from http://arxiv.org/abs/0902.0751.

参见----------See Also----------

sda.ranking, carscore,.
sda.ranking，carscore“。


实例----------Examples----------


# load sda library[加载SDA库]
library("sda")

################# [＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
# training data #[训练数据＃]
#################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]

# prostate cancer set[前列腺癌组]
data(singh2002)

# training data[训练数据]
Xtrain = singh2002$x
Ytrain = singh2002$y
dim(Xtrain)


####################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃]
# shrinkage t-score (DDA setting - no correlation) #[收缩T-评分（DDA设置 - 不相关）＃]
####################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃]

tstat = catscore(Xtrain, Ytrain, diagonal=TRUE, shrink=TRUE)
dim(tstat)
tstat[1:10,]


########################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃]
# shrinkage CAT score (LDA setting - with correlation) #[收缩CAT得分（LDA设置 - 相关）]
########################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃]

cat = catscore(Xtrain, Ytrain, diagonal=FALSE, shrink=TRUE)
dim(cat)
cat[1:10,]


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