R语言 scrime包 rowHWEs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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rowHWEs(scrime)
rowHWEs()所属R语言包：scrime

                                        Rowwise Test for Hardy-Weinberg Equilibrium
                                         Rowwise Hardy-Weinberg平衡测试

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Tests for each row of a matrix whether the Hardy-Weinberg Equilibrium holds for the SNP represented by the row.
Hardy-Weinberg平衡持有的SNP矩阵的每一行代表的行测试。


用法----------Usage----------


rowHWEs(x, levels = 1:3, affy = FALSE, check = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x
a matrix in which each row represents a SNP and each column a subject, where the SNPs can take the values specified by levels. NAs are allowed.
矩阵中的每一行代表一个SNP，每列一个主题，如单核苷酸多态性可以采取指定的levels值。 NAS的允许。


参数：levels
a vector of length three specifying the values with which the three genotypes of each SNP are represented. It is assumed that the second element of levels represents the heterozygous genotype, whereas the first and the third element represent the homozygous genotypes. Ignored if affy = TRUE.
的矢量长度为3的指定的值与该三个表示每个SNP的基因型。据推测，第二元件levels表示杂合基因型，而第一和第三个元素代表纯合子基因型。如果忽略affy = TRUE。


参数：affy
logical specifying whether the SNPs in x are coded as in the Affymetrix standard output. If TRUE, levels = c("AA", "AB", "BB") will be used.
逻辑指定是否xAffymetrix公司的标准输出被编码为单核苷酸多态性。如果TRUE，levels = c("AA", "AB", "BB")使用。


参数：check
should some checks be done if, e.g., other than the specified levels are used in x? It is highly recommended to leave check = TRUE. Setting check = FALSE will reduce the computation time slightly.
应该做一些检查，如果，例如，指定以外的levels中使用的x？它强烈建议离开check = TRUE的。设置check = FALSE会稍微减少计算时间。


值----------Value----------

A list containing the values of the ChiSquare statistic for testing for deviation from HWE (stats) and the raw p-values (rawp) computed by employing the ChiSquare distribution with 1 degree of freedom.
一个列表，其中包含的卡方统计量的值偏差测试HWE（stats）和原始的p值（rawp）计算采用自由度为1的卡方分布。


（作者）----------Author(s)----------



Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>


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