R语言 scrime包 buildSNPannotation()函数中文帮助文档(中英文对照)

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buildSNPannotation(scrime)
buildSNPannotation()所属R语言包：scrime

                                        Construct Annotation for Affymetrix SNP Chips
                                         建设注释Affymetrix公司的SNP芯片

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Constructs a data frame from a metadata package containing annotations for the SNPs from the corresponding Affymetrix SNP Chip.
Affymetrix公司的SNP芯片从相应的元数据包，其中包含注释的单核苷酸多态性构造一个数据框。


用法----------Usage----------


  buildSNPannotation(pkg, rs = TRUE, allele = TRUE, gene = TRUE,
    chromosome = FALSE, position = FALSE, strand = FALSE, cytoband = FALSE,
    max.genes = 0, lib.loc = NULL, others = NULL, subset = NULL,
    pattern = NULL, na.rm = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：pkg
the name of the metadata package from which the data frame containing the annotations of the SNPs should be generated.
应生成的元数据包从该数据框包含的SNP的注解的名称。


参数：rs
should the RefSNP-ID of the SNPs be added to the data frame?
应RefSNP的SNP ID被添加到数据框？


参数：allele
should the two alleles of each SNP be added to the data frame?
每个SNP的两个等位基因的应该被添加到该数据框？


参数：gene
should the genes associated with the SNPs be added to the data frame?
应的基因的单核苷酸多态性与被添加到所述数据框？


参数：chromosome
should the chromosome to which the respective SNP belongs be added to the data frame?
应该被添加到的数据框中，其中各SNP所属的染色体？


参数：position
should the physical positions of the SNPs be added to the data frame?
的单核苷酸多态性的物理位置的应该被添加到该数据框？


参数：strand
should the strands be added to the data frame?
链应该被添加到该数据框？


参数：cytoband
logical indicating whether the cytoband of each SNP is added to the data frame.
逻辑指示每个SNP cytoband是否被添加到数据框。


参数：max.genes
integer specifying the maximum number of genes associated with the respective SNP that should be stored in the data frame. By default, all entries are considered. The corresponding column of the data frame can also be shortened afterwards using shortenGeneDescription. Shortened entries are marked by ... at the end of the entries.
整数，指定相关的基因与相应的单核苷酸多态性，应该被存储在数据框的最大数目。默认情况下，所有参赛作品被认为是。的数据框的相应的列也可以缩短之后使用shortenGeneDescription。缩短的条目被标记由...结束时的条目。


参数：lib.loc
the directory in which the metadata package is stored. Needs only to be specified if it is not stored in the usual directory of the packages.
的目录中的元数据包被存储。只需要被指定，如果是没有被存储在通常的目录的软件包。


参数：others
character string or vector naming other entries of the object featureSet saved in pkg that should be added to the data frame.
字符串或向量命名的对象的其他条目featureSet中保存pkg应该被添加到的数据框。


参数：subset
character string consisting of the probe set IDs of the SNPs for which the data frame should be generated. The data frame will contain all SNPs if subset = NULL
字符串组成的探针组的单核苷酸多态性的ID应该产生的数据框。数据框将包含所有SNP如果subset = NULL


参数：pattern
character string specifying the pattern of the probe set IDs of the SNPs for which the data frame should be generated. For example, pattern = "SNP%" will lead to a data frame containing all SNPs whose probe set ID start with "SNP".
应生成该数据框的SNP探针集ID字符串特别指定的图案。例如，pattern = "SNP%"会导致数据框包含的所有SNP的探针设置ID开始“SNP”。


参数：na.rm
should the rows of the data frame corresponding to SNPs specified by subset for which no information is available in the metadata package be removed?
应的数据框对应的单核苷酸多态性subset没有信息的元数据包中被删除指定的行吗？


值----------Value----------

A data frame composed of annotations for the SNPs for which information is available in the specified metadata package.
一个数据框组成的单核苷酸多态性的相关信息，可在指定的元数据包的注释。


（作者）----------Author(s)----------


Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schw@gmx.de">holger.schw@gmx.de</a>



参见----------See Also----------

shortenGeneDescription
shortenGeneDescription

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