R语言 AGDEX包 map.data()函数中文帮助文档(中英文对照)

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map.data(AGDEX)
map.data()所属R语言包：AGDEX

                                        Probe-set Mapping Data
                                         探针设置映射数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A mapping between Human probe-sets and Mouse probe-sets
人类探测器套和鼠标探针集合之间的映射


用法----------Usage----------


data(map.data)



Details

详情----------Details----------

map.data is a list object containing 3 components, probe.map, map.Aprobe.col and map.Bprobe.col.  The component probe.map is a data frame with 2 columns of probe-sets identifiers from human and mouse array respectively.  This sample mapping data probe.map is a subset of the full mapping data set across human genome U133 Plus 2.0 Array and  mouse Expression 430 Array available at www.affymetrix.com. They provide mutiple match mode data sets, such as Good Match, Complex Match Best match etc. We downloaded the Best Match data set as our mapping data.  The probe-sets in probe.map are selected such that they are contained  in both expression matrix of human.data and mouse.data. Users can choose mapping data according to the species and platforms of their gene expression profiles either by downloading from www.affymetrix.com or from other sources. The array platforms of mapping data must match that of gene expression profile of  each species.   
map.data是一个列表对象，包含3个组成部分，probe.map，map.Aprobe.col和map.Bprobe.col。在的组件probe.map是一个2列，分别从人类和小鼠阵列探针集标识符的数据框。此示例映射的数据probe.map是一个完整的映射整个人类基因组U133加2.0阵列和鼠标的表达430阵列可在www.affymetrix.com数据集的子集。他们提供的多重比赛模式，如良好的匹配，数据集，复杂的匹配最佳匹配最佳匹配数据设置为我们的图数据下载等。被选中的在probe.map探针集等，他们正在在都表达human.data和mouse.data矩阵所载。根据要么由从www.affymetrix.com或其他来源下载的物种和他们的基因表达谱平台，用户可以选择测绘数据。测绘数据的阵列平台必须匹配，每个物种的基因的表达谱。

probe.map component of the sample data map.data contains 490 rows of ortholog-matched probe-sets across human array and mouse array. map.Aprobe.col and map.Bprobe.col specify column number or name containing the probe-sets from study A and study B respectively.
probe.map样本数据map.data的组件包含490行的同源匹配的探针集在人类阵列和鼠标阵列。 map.Aprobe.col和map.Bprobe.col指定列的编号或名称包含从研究的探针集A和研究B。


值----------Value----------


参数：probe.map
A data frame with 490 rows and 2 columns of probe-sets identifiers of human and mouse
一个数据框490行和2列探针设置标识符的人类和小鼠


参数：map.Aprobe.col
Column number or name in data frame probe.map containing probe-sets IDs from study A
列数或在数据框probe.map的名字，从研究一个包含探针集的ID


参数：map.Bprobel.col
Column number or name in data frame probe.map containing probe-sets IDs from study B  
列号或名称包含在数据框probe.map探针设置研究B的ID


参见----------See Also----------

agdex; human.data; mouse.data; gset.data
agdex;human.data;mouse.data;gset.data


举例----------Examples----------



# download the "best match" mapping data across human array and mouse array # [下载“最佳匹配”跨越人类数组和鼠标阵列映射的数据＃]
## Not run: [＃无法运行：]
map.url <- "http://www.affymetrix.com/Auth/analysis/downloads/na31/ivt/Mouse430_2.na31.ortholog.csv.zip"
map.file.name <- unlist(strsplit(map.url,split="/"))
map.file.name <- map.file.name[length(map.file.name)]
map.destination <- paste(local.data.dir,map.file.name,sep="")
download.file(map.url,map.destination)  # Affy website may need users to register first[affy网站可能需要用户先注册]
unzip(map.destination)
affy.ortho.file <- substring(map.destination,1,nchar(map.destination)-4)


# read in the mapping data  #[在图数据读取＃]
ortho.data <- read.csv(affy.ortho.file,quote='"',as.is=T)

keep the probe-sets identifers of human array "HG-U133_Plus_2" only
keep.rows <- is.element(ortho.data$Ortholog.Array,"HG-U133_Plus_2")
ortho.data <- ortho.data[keep.rows,]

ortho.data &lt;- ortho.data[,c(1,3)]             # keep the columns containg probe-sets only[保持探针的设置只列containg]
ortho.data$Ortholog.Probe.Set <- tolower(ortho.data$Ortholog.Probe.Set)

# prepare the list obejct of map data for calling AGDEX routine #[准备图数据的列表obejct调用AGDEX例行＃]
map.data <- list(probe.map=ortho.data,
                  map.Aprobe.col=2,   # the column index containing human probe-sets IDs in data frame probe.map [列的索引含有人类探针设置数据框probe.map中的ID]
                  map.Bprobe.col=1)   # the column index containing mouse probe-sets IDs in data frame probe.map[鼠标探针集的ID包含数据框probe.map中的列索引]

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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