R语言 AGDEX包 make.dex.set.object()函数中文帮助文档(中英文对照)

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make.dex.set.object(AGDEX)
make.dex.set.object()所属R语言包：AGDEX

                                        Make a list object for function agdex()
                                         使列表对象一个功能agdex的（）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function generates a list object containing four components for function agdex()
这个函数生成一个列表对象为的功能agdex（含四部分组成）


用法----------Usage----------


make.dex.set.object(Eset.data, comp.var, comp.def, gset.collection)



参数----------Arguments----------

参数：Eset.data
an ExpressionSet object carries the gene expression data (Exprs) and Phenotype data (pData)
ExpressionSet对象进行基因表达数据（Exprs）和表型数据（PDATA）


参数：comp.var
the column name or numeric index for group labels in pData of object Eset.data
列名或组标签的数字指数对象Eset.data的PDATA


参数：comp.def
a string definition of comparison, group labels connected by "-"
字符串定义的比较，组标签连接“ - ”


参数：gset.collection
an object belongs to class GeneSetCollection
一个对象属于类GeneSetCollection


Details

详情----------Details----------

The ExpressionSet includes two components: exprs: a matrix of expression values  pData: a data frame contains the sample IDs and their assigned group labels.
该ExpressionSet包含两部分组成：exprs：矩阵表达式的值PDATA：一个数据框包含的样品ID和其指定的组标签。

gset.collection contains a GeneSetCollection object defined in the Bioconductor package GSEABase.   The gset.collection object must use the same identifiers for probe-sets as that used in the exprs component of Eset.data.  
gset.collection包含在Bioconductor包GSEABase的GeneSetCollection对象定义。 gset.collection对象必须使用探针台相同的标识，如在用于Eset.data exprs组件。


值----------Value----------

A list object containing the four components described in argument section.
列表对象，其中包含四个参数节中所述的组件。


作者（S）----------Author(s)----------



Stan Pounds &lt;<a href="mailto:stanley.pounds@stjude.org">stanley.pounds@stjude.org</a>; Cuilan Lani Gao &lt;<a href="mailto:cuilan.gao@stjude.org">cuilan.gao@stjude.org</a>&gt;




参见----------See Also----------

ExpressionSet class: ExpressionSet.
ExpressionSet类：ExpressionSet。

GeneSetCollection class: GeneSetCollection.
GeneSetCollection类：GeneSetCollection。

agdex; write.agdex.result; agdex.scatterplot; get.gset.result.details; read.agdex.gset.details; read.agdex.gset.details;
agdex;write.agdex.result;agdex.scatterplot;get.gset.result.details;read.agdex.gset.details;read.agdex.gset.details;


举例----------Examples----------


# load data[数据加载]
data(human.data)
data(mouse.data)
data(gset.data)                  
# make dex.set object for human data[人类数据dex.set对象]
dex.set.human <- make.dex.set.object(human.data,
                                      comp.var=2,
                                      comp.def="human.tumor.typeD-other.human.tumors",
                                      gset.collection=gset.data)
# make dex.set object for mouse data[鼠标数据对象dex.set]
dex.set.mouse <- make.dex.set.object(mouse.data,
                                      comp.var=2,
                                      comp.def="mouse.tumor-mouse.control",
                                      gset.collection=NULL)
  

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