R语言 AGDEX包 gset.data()函数中文帮助文档(中英文对照)

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gset.data(AGDEX)
gset.data()所属R语言包：AGDEX

                                        a sample gene-set data
                                         样本的基因组数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

gset.data A gene-set data belongs to the GeneSetCollection class of GSEABase package.
gset.data一个基因组数据属于的GSEABase包GeneSetCollection类。


用法----------Usage----------


data(gset.data)



Details

详情----------Details----------

This sample gene-sets data contain 10 small gene-sets which are randomly selected from the full pathway  gene-sets downloaded from http://www.broadinstitute.org/gsea/msigdb/download_file.jsp?filePath=/resources/msigdb/3.0/c5.all.v3.0.orig.gmt. The full gene-set data contain 1454 gene-sets. For the sample gene-set data of AGDEX package,  10 gene-sets are randomly selected, each has 20 to 30 probe-sets. Each gene-set has 20 to 30 probe-sets.   We used getGmt function from GSEABase to read GMT format into a  GeneSetCollection class object, then map the genes to probe-set IDs using hgu133 plus2 annotation data which contains the  mapping from genes to probe-sets indentifiers.
这个样本的基因组数据包含10个小随机选择从全通路的基因组基因组下载全基因组数据包含1454基因组。包，10 AGDEX基因组数据为样本的基因组是随机选择的，每个人都有20至30探针套。每个基因组有20至30探针集。我们使用从GSEABase getGmt的函数读入GMT格式GeneSetCollection类对象，然后绘制基因探针组ID的使用hgu133 plus2其中包含从基因探针集indentifiers的的映射注解数据。


参见----------See Also----------

GeneSetCollection-class
GeneSetCollection-级

agdex; human.data; mouse.data; map.data
agdex;human.data;mouse.data;map.data


举例----------Examples----------



# download the pathway gene-sets data #[下载途径的基因组数据＃]
## Not run: [＃无法运行：]
gset.url <- "http://www.broadinstitute.org/gsea/msigdb/download_file.jsp?filePath=/resources/msigdb/3.0/c5.all.v3.0.orig.gmt"
gset.file.name <- unlist(strsplit(gset.url,split="/"))
gset.file.name <- gset.file.name[length(gset.file.name)]
gset.destination <- paste(local.data.dir,gset.file.name,sep="")
download.file(gset.url, gset.destination)
gset.file <- gset.destination
gset.data <- getGmt(gset.file)        

# read in human U133+2 array annotation file#[在人类U133 +2阵列注释文件读取＃]
human.ann.data <- read.table("local human U133+2 array annotation data", head=T, sep="\t")
genes.in.ann &lt;- human.ann.data[,3]      # get the gene symbols from annotation file[从基因符号注释文件]

# map the genes to probe-set IDs using human annotation data.########## [绘制基因探针集ID，使用人类注释数据。＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
for (i in 1:length(gset.data))
  {
  genes.this.gset <- geneIds(gset.data[[i]])
  match.rows <- is.element(genes.in.ann, genes.this.gset)
  probe.this.gset <- human.ann.data$ID[match.rows]
  geneIds(gset.data[[i]]) <- as.character(probe.this.gset)
  }

## End(Not run) [＃结束（不运行）]

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