R语言 AGDEX包 get.gset.result.details()函数中文帮助文档(中英文对照)

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get.gset.result.details(AGDEX)
get.gset.result.details()所属R语言包：AGDEX

                                        Extract gene-level details from gene-set results
                                         从基因组的结果中提取的基因层次的细节

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function to extract the probe-sets level details for gene-set results, i.e. obtain the differential expression statistics for probe-sets assigned to the gene-sets.  This allows users to explore which probe-sets results contribute the most to gene-set differential expression analysis statistics and gene-set agreement of differential expression statistics.
提取探针设置一个功能基因组结果的层次细节，即获得分配到基因组的探针集的差异表达统计。这允许用户探索探针集的结果有助于大部分基因组的差异表达分析统计和基因组差异表达的统计资料的协议。


用法----------Usage----------


get.gset.result.details(agdex.result, gset.ids = NULL, alpha=0.01)



参数----------Arguments----------

参数：agdex.result
agdex result returned by function agdex  
返回功能agdex agdex结果


参数：gset.ids
a vector of gene-set IDs. If NULL, the result will return gene level details for all significant gene-sets at a chosen  significant level alpha.   
向量的基因集ID。如果为NULL，则结果将返回所有重要的基因组在选定的显着性水平的α基因水平上的细节。


参数：alpha
significance level of gene-set, default set to 0.01
意义的基因组的水平，默认设置为0.01


值----------Value----------

This function returns a list of three components.
这个函数返回一个列表的三个组成部分。


参数：gsetA.details
Gene-set details result for experiment A, including differential expression statistic  and p-value for each probe-set in each gene-set. Each row represents a probe-set from A. The columns give gene-set name, enrichment statistic and its corresponding p-values, differential expression statistics and p-values
基因组实验，包括差异表达的统计，并为每个组中每个基因组的探针p值的结果。每一行代表从A柱给基因组的名称，充实统计和其相应的P-值，差异表达的统计和p值的探针集


参数：gsetB.details
similar result of gene-set details for experiment B. Rows and columns give the similar information to gsetA.details.
实验二行和列的基因组细节类似的结果给予了类似的信息到gsetA.details。


参数：agdex.details
A data frame. Each row gives results for one probe-set pair. The columns  give the gene-set names, cosine statistic and difference of proportions statistic and p-values, meta statistic and its p-value.
一个数据框。每一行给出了一个探针集对的结果。列给基因组的名称，余弦统计比例和p值的统计，元统计和p值的差异。


作者（S）----------Author(s)----------



Stan Pounds &lt;<a href="mailto:stanley.pounds@stjude.org">stanley.pounds@stjude.org</a>; Cuilan Lani Gao &lt;<a href="mailto:cuilan.gao@stjude.org">cuilan.gao@stjude.org</a>&gt;




参见----------See Also----------

write.agdex.gset.details; read.agdex.gset.details
write.agdex.gset.detailsread.agdex.gset.details


举例----------Examples----------


# Load saved result run by agdex routine               [加载保存的结果来看，agdex例行]
data(agdex.res)

# obtain gene-set result[获得基因组的结果]
gset.res.all <- get.gset.result.details(agdex.res,gset.ids = NULL, alpha=0.01)

# obtain the detailed gene set for specified gene-sets [指定的基因组，获得了详细的基因]
gset.res0 <- get.gset.result.details(agdex.res, gset.ids=c("DNA_CATABOLIC_PROCESS","GOLGI_STACK"), alpha=0.01)

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