R语言 affy包 xy2indices()函数中文帮助文档(中英文对照)

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xy2indices(affy)
xy2indices()所属R语言包：affy

                                        Functions to convert indices to x/y (and reverse)
                                         职能转换指数，X / Y（和反向）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Functions to convert indices to x/y (and reverse)
职能转换指数，X / Y（和反向）


用法----------Usage----------


xy2indices(x, y, nr = NULL, cel = NULL, abatch = NULL, cdf = NULL, xy.offset = NULL)
indices2xy(i, nr = NULL, cel = NULL, abatch = NULL, cdf = NULL, xy.offset = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：x
X position for the probes.
X探针的位置。


参数：y
Y position for the probes.
Y探针的位置。


参数：i
indices in the AffyBatch for the probes.
指数AffyBatch探针。


参数：nr
total number of Xs on the chip.
Xs在芯片上的总人数。


参数：cel
a corresponding object of class Cel.
一类Cel对应的对象。


参数：abatch
a corresponding object of class AffyBatch.
一类AffyBatch对应的对象。


参数：cdf
character - the name of the corresponding cdf package.
字符 - 相应的CDF包的名称。


参数：xy.offset
an eventual offset for the XY coordinates. See Details.
最终为XY坐标偏移。查看详细信息。


Details

详情----------Details----------

The probes intensities for given probe set ids are extracted from an AffyBatch object using the indices stored in the corresponding cdfenv.
探针组IDS探针强度AffyBatch使用对象存储在相应的cdfenv指数提取。

The parameter xy.offset is there for compatibility. For historical reasons, the xy-coordinates for the features on Affymetrix chips were decided to start at 1 (one) rather than 0 (zero). One can set the offset to 1 or to 0. Unless the you \_really\_ know what you are doing, it is advisable to let it at the default value NULL. This way the package-wide option xy.offset is always used.
参数xy.offset有兼容性。由于历史的原因，在Affymetrix芯片的功能的XY坐标，决定在1（一）开始，而不是0（零）。一个可以设置的偏移量为1或0。除非你\ _really \ _知道你在做什么，最好是让默认值NULL。这样的全包的选项xy.offset总是使用。


值----------Value----------

A vector of indices or a two-columns matrix of Xs and Ys.
一个向量指数或xs和ys两列的矩阵。


警告----------Warning----------

Even if one really knows what is going on, playing with the parameter xy.offset could be risky. Changing the package-wide
即使一个人真正知道是怎么回事，打的参数xy.offset可能是危险的。改变全包


作者（S）----------Author(s)----------


L.



参见----------See Also----------

indexProbes
indexProbes


举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  data(Dilution)
  pm.i <- indexProbes(Dilution, which="pm", genenames="AFFX-BioC-5_at")[[1]]
  mm.i <- indexProbes(Dilution, which="mm", genenames="AFFX-BioC-5_at")[[1]]

  pm.i.xy <- indices2xy(pm.i, abatch = Dilution)
  mm.i.xy <- indices2xy(mm.i, abatch = Dilution)

  image(Dilution[1], transfo=log2)
  ## plot the pm in red[＃绘制下午在红]
  plotLocation(pm.i.xy, col="red")
  plotLocation(mm.i.xy, col="blue")
}

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