plotCumu(scapeMCMC)
plotCumu()所属R语言包:scapeMCMC
Plot MCMC Cumulative Quantiles
图MCMC累积位数
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Plot Markov chain Monte Carlo cumulative quantiles. This is a diagnostic plot for deciding whether the chain has converged.
图马尔可夫链蒙特卡罗累积位数。这是一个诊断的图决定是否链融合。
用法----------Usage----------
plotCumu(mcmc, probs=c(0.025,0.975), div=1, log=FALSE, base=10,
main=NULL, xlab="Iterations", ylab="Value", lty.median=1,
lwd.median=2, col.median="black", lty.outer=2, lwd.outer=1,
col.outer="black", ...)
参数----------Arguments----------
参数:mcmc
MCMC chain(s) as a vector, data frame or mcmc object.
MCMC链(S)作为向量,数据框或mcmc对象的。
参数:probs
outer quantiles to draw, a vector of length 2.
外位数的画,向量长度为2。
参数:div
denominator to shorten values on the y axis.
分母,以缩短在y轴上的值。
参数:log
whether values should be log-transformed.
是否值应该是对数转换。
参数:base
logarithm base.
对数的底。
参数:main
main title.
主标题。
参数:xlab
x-axis label.
X轴标签。
参数:ylab
y-axis label.
y轴的标签。
参数:lty.median
line type of median.
直线型的中位数。
参数:lwd.median
line width of median.
的中位线宽度。
参数:col.median
color of median.
颜色的中位数。
参数:lty.outer
line type of outer quantiles.
线路类型外位数。
参数:lwd.outer
line width of outer quantiles.
外分位数的线宽度。
参数:col.outer
color of outer quantiles.
外位数的颜色。
参数:...
passed to cumuplot(), title() and axis().
传递给cumuplot(),title()和axis()。
值----------Value----------
Null, but a plot is drawn on the current graphics device.
空,但有一个图是画在当前的图形设备。
注意----------Note----------
The Args function from the gdata package is recommended for reviewing the arguments, instead of args.
建议审查的论点,而不是Argsgdata功能args包。
参见----------See Also----------
cumuplot is the underlying plotting function, and quantile is called iteratively to calculate the cumulative quantiles.
cumuplot是的底层绘图功能,和quantile被称为迭代计算的累计位数。
plotTrace, plotAuto, plotCumu, and plotSplom are diagnostic plots.
plotTrace,plotAuto,plotCumu和plotSplom是诊断图。
plotDens and plotQuant are posterior plots.
plotDens和plotQuant后图。
scapeMCMC-package gives an overview of the package.
scapeMCMC-package给出了一个概述的包。
实例----------Examples----------
plotCumu(xmcmc$P$R0, main="R0")
plotCumu(xmcmc$P$cSfull, main="cSfull")
plotCumu(xmcmc$P, probs=c(0.25,0.50,0.75), ann=FALSE, axes=FALSE)
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