SpikeIn(affy)
SpikeIn()所属R语言包：affy
SpikeIn Experiment Data: ProbeSet Example
SpikeIn实验数据：ProbeSet为例
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This ProbeSet represents part of SpikeIn experiment data set.
这个ProbeSet代表SpikeIn实验数据集的一部分。
用法----------Usage----------
data(SpikeIn)
格式----------Format----------
SpikeIn is ProbeSet containing the $PM$ and $MM$ intensities for a gene spiked in at different concentrations (given in the vector colnames(pm(SpikeIn))) in 12
SpikeIn是ProbeSet含有添加不同浓度的基因下午$和$的MM美元的强度（矢量colnames(pm(SpikeIn))在给予）12
源----------Source----------
This comes from an experiments where 11 different cRNA fragments have been added to the hybridization mixture of the GeneChip arrays at different pM concentrations. The 11 control cRNAs were BioB-5, BioB-M, BioB-3, BioC-5, BioC-3, BioDn-5 (all E. coli), CreX-5, CreX-3 (phage P1), and DapX-5, DapX-M, DapX-3 (B. subtilis) The cRNA were chosen to match the target sequence for each of the Affymetrix control probe sets. For example, for DapX (a B. subtilis gene), the 5', middle and 3' target sequences (identified by DapX-5, DapX-M, DapX-3) were each synthesized separately and spiked-in at a specific concentration. Thus, for example, DapX-3 target sequence may be added to the total hybridization solution of 200 micro-liters to give a final concentration of 0.5 pM.
这是来自11个不同的cRNA片段已被添加到在不同的时浓度的基因芯片阵列的杂交混合物的实验。 11控制cRNAs BioB-5， - M BioB，BioB-3，BioC-5，BioC-3，-5 BioDn（所有大肠杆菌），CREX-5-3 CREX（噬菌体P1），和DapX- 5，DapX，男，-3 DapX（枯草杆菌），cRNA的选择相匹配的靶序列为每个Affymetrix公司的控制探针集。例如，对于DapX（枯草芽孢杆菌的基因），中间5和3的目标序列（5 DapX标识，DapX-M DapX，3）分别独立合成和尖刺，在一个特定的浓度。因此，举例来说，DapX-3靶序列，可添加到杂交液，给予终浓度为0.5时的200微升。
For this example we have the $PM$ and $MM$ for BioB-5 obtained from the arrays where it was spiked in at 0.0, 0.5, 0.75, 1, 1.5, 2, 3, 5, 12.5, 25, 50, and 150 pM.
对于这个例子，我们有美元为BioB-5下午$和$ MM的阵列，它被添加在0.0，0.5，0.75，1.5，2，3，5，12.5，25，50美元获得， 150分。
For more information see Irizarry, R.A., et al. (2001)
有关详细信息，请参阅Irizarry，号共和国法，等。 （2001）
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发表于 2012-2-25 11:30:40
