R语言 affy包 ppsetApply()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ppsetApply(affy)
ppsetApply()所属R语言包：affy

                                         Apply a function over the ProbeSets in an AffyBatch
                                         应用超过ProbeSets一个AffyBatch的函数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Apply a function over the ProbeSets in an AffyBatch
应用超过ProbeSets一个AffyBatch的函数


用法----------Usage----------


ppsetApply(abatch, FUN, genenames = NULL, ...)

ppset.ttest(ppset, covariate, pmcorrect.fun = pmcorrect.pmonly, ...)



参数----------Arguments----------

参数：abatch
an object inheriting from AffyBatch.
从AffyBatch继承对象。


参数：ppset
an object of class ProbeSet.
对象类ProbeSet。


参数：covariate
the name a covariate in the slot phenoData.
插槽phenoData协变量的名称。


参数：pmcorrect.fun
a function to correct PM intensities.
功能纠正下午强度。


参数：FUN
a function working on a ProbeSet.
函数ProbeSet。


参数：genenames
a list of Affymetrix probesets ids to work with. All probe set ids used when NULL.
Affymetrix公司的列表probesets IDS工作。所有探针组ID时使用NULL。


参数：...
optional parameters to the function FUN.
可选参数的功能FUN。


值----------Value----------

Returns a list of objects, or values, as returned by the function FUN for each ProbeSet it processes.
返回list的对象，或值，FUN每ProbeSet进程函数返回。


作者（S）----------Author(s)----------


Laurent Gautier <laurent@cbs.dtu.dk>



参见----------See Also----------

ProbeSet-class
ProbeSet-class


举例----------Examples----------


ppset.ttest <- function(ppset, covariate, pmcorrect.fun = pmcorrect.pmonly, ...) {
  probes <- do.call("pmcorrect.fun", list(ppset))
  my.ttest <- function(x) {
    y <- split(x, get(covariate))
    t.test(y[[1]], y[[2]])$p.value
  }
  r <- apply(probes, 1, my.ttest)
  return(r)
}
##this takes a long time - and rowttests is a good alternative[这需要很长一段时间 -  rowttests是一个很好的选择]
## eg: rt = rowttests(exprs(Dilution), Dilution$liver)[＃例如：RT = rowttests（exprs（稀释），稀释美元肝脏）]
## Not run: [＃无法运行：]
  data(Dilution)
  all.ttest <- ppsetApply(Dilution, ppset.ttest, covariate="liver")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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