R语言 affy包 plotDensity()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotDensity(affy)
plotDensity()所属R语言包：affy

                                        Plot Densities
                                         图密度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plots the non-parametric density estimates using values contained in the columns of a matrix.
图的非参数密度估计使用矩阵列中的值。


用法----------Usage----------




plotDensity(mat, ylab = "density", xlab="x", type="l", col=1:6,
            na.rm = TRUE, ...)

plotDensity.AffyBatch(x, col = 1:6, log = TRUE,
                      which=c("pm","mm","both"),
                      ylab = "density",
                      xlab = NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：mat
a matrix containing the values to make densities in the columns.
矩阵包含在列的密度值。


参数：x
an object of class AffyBatch.
对象类AffyBatch。


参数：log
logical value. If TRUE the log of the intensities in the AffyBatch are plotted.
逻辑值。如果TRUE强度AffyBatch绘制的log。


参数：which
should a histogram of the PMs, MMs, or both be made?
应的PMS直方图，MMS，或同时进行？


参数：col
the colors to use for the different arrays.
颜色使用不同的阵列。


参数：ylab
a title for the y axis.
为Y轴的标题。


参数：xlab
a title for the x axis.
X轴的标题。


参数：type
type for the plot.
键入的图。


参数：na.rm
handling of NA values.
处理NA值的。


参数：...
graphical parameters can be given as arguments to plot.
图形参数可以给出作为plot的参数。


Details

详情----------Details----------

The list returned can be convenient for plotting large input matrices with different colors/line types schemes (the computation of the densities can take some time).
返回的列表可以方便绘制大的输入矩阵，用不同的颜色/线路类型计划（密度的计算可能需要一些时间）。

To match other functions in base R, this function should probably be called matdensity, as it is sharing similarities with matplot and matlines.
要匹配在碱基ŕ等功能，这个功能应该被称为matdensity，因为它是共享matplot和matlines相似之处。


值----------Value----------

It returns invisibly a list of two matrices "x" and "y".
无形中，它返回两个矩阵的x和Y的列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Ben Bolstad and Laurent Gautier



举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  data(Dilution)
  plotDensity(exprs(Dilution), log="x")
}

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