R语言 samr包 samr.pvalues.from.perms()函数中文帮助文档(中英文对照)

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samr.pvalues.from.perms(samr)
samr.pvalues.from.perms()所属R语言包：samr

                                        Report estimated p-values for each gene, from a  SAM analysis
                                         报告估计，每个基因的p值，从SAM分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Report estimated p-values for each gene, from set of permutations in a SAM analysis
报告“估计，对每个基因的p-值，从设置的排列在SAM分析


用法----------Usage----------


samr.pvalues.from.perms(tt, ttstar)



参数----------Arguments----------

参数：tt
Vector of gene scores, returned by samr in component tt
在组件TT基因向量的分数，返回SAMR


参数：ttstar
Matrix of gene scores (p by nperm) from nperm permutations. Returned by samr in component ttstar
从nperm置换矩阵的基因成绩（p的nperm）。返回的SAMR组件ttstar


（作者）----------Author(s)----------


Jun Li and Balasubrimanian Narasimhan and Robert Tibshirani



参考文献----------References----------

A tail strength measure for assessing the overall significance in a dataset. Submitted.

实例----------Examples----------


#generate some example data[产生一些示例数据]
set.seed(100)
x<-matrix(rnorm(1000*20),ncol=20)
dd<-sample(1:1000,size=100)

u<-matrix(2*rnorm(100),ncol=10,nrow=100)
x[dd,11:20]<-x[dd,11:20]+u

y<-c(rep(1,10),rep(2,10))

data=list(x=x,y=y, geneid=as.character(1:nrow(x)),
genenames=paste("g",as.character(1:nrow(x)),sep=""), logged2=TRUE)
samr.obj<-samr(data,  resp.type="Two class unpaired", nperms=100)

pv=samr.pvalues.from.perms(samr.obj$tt, samr.obj$ttstar)

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