R语言 samr包 samr.plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

samr.plot(samr)
samr.plot()所属R语言包：samr

                                        Make Q-Q plot for SAM analysis
                                         使Q-Q图SAM分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------


用法----------Usage----------


samr.plot(samr.obj, del, min.foldchange=0)



参数----------Arguments----------

参数：samr.obj
Object returned from call to samr
返回的对象调用SAMR


参数：del
Value of delta to use.  Delta is the  vertical  distance from the 45 degree line to the upper and lower parallel lines that define the SAM threshold rule.
Delta值使用。 Delta是从45度的线的垂直距离的上部和下部的平行线，定义了SAM的阈值规则。


参数：min.foldchange
The minimum fold change desired; should be >1; default is zero, meaning no fold change criterion is applied
变化所需的最低倍;> 1，默认值是零，这意味着没有倍数的改变标准的应用


Details

详细信息----------Details----------

Creates the Q-Q plot fro a SAm analysis, marking features (genes) that are significant, ie. lie outside a slab around teh 45 degreee line of width delta. A gene must also pass the  min.foldchange criterion  to be called significant, if this criterion is specified in the call.
创建QQ图来回的SAM分析，（基因）是显着的，即标记功能。不在德的45 degreee线宽度Delta周围的平板。 A基因还必须通过min.foldchange的标准被称为显着，如果该标准，在调用中指定。


（作者）----------Author(s)----------


Jun Li and Balasubrimanian Narasimhan and Robert Tibshirani



参考文献----------References----------

Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response"  PNAS 2001 98: 5116-5121, (Apr 24).

实例----------Examples----------


#generate some example data[产生一些示例数据]
set.seed(100)
x<-matrix(rnorm(1000*20),ncol=20)
dd<-sample(1:1000,size=100)

u<-matrix(2*rnorm(100),ncol=10,nrow=100)
x[dd,11:20]<-x[dd,11:20]+u

y<-c(rep(1,10),rep(2,10))

data=list(x=x,y=y, geneid=as.character(1:nrow(x)),
genenames=paste("g",as.character(1:nrow(x)),sep=""), logged2=TRUE)


samr.obj<-samr(data,  resp.type="Two class unpaired", nperms=50)


samr.plot(samr.obj, del=.3)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。