R语言 affy包 normalize.invariantset()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normalize.invariantset(affy)
normalize.invariantset()所属R语言包：affy

                                        Invariant Set normalization
                                         不变集归

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Normalize arrays in an  AffyBatch using an invariant set.
AffyBatch使用不变集标准化阵列。


用法----------Usage----------


normalize.AffyBatch.invariantset(abatch, prd.td = c(0.003, 0.007),
                                 verbose = FALSE,
                                 baseline.type = c("mean","median","pseudo-mean","pseudo-median"),
                                 type = c("separate","pmonly","mmonly","together"))

normalize.invariantset(data, ref, prd.td=c(0.003,0.007))



参数----------Arguments----------

参数：abatch
an AffyBatch object.
AffyBatch对象。


参数：data
a vector of intensities on a chip (to normalize to the reference).
芯片上的向量强度（标准化参考）。


参数：ref
a vector of reference intensities.
参考强度矢量。


参数：prd.td
cutoff parameter (details in the bibliographic reference).
截止参数（书目参考的细节）。


参数：baseline.type
specifies how to determine the baseline array.
指定如何确定基线阵列。


参数：type
a string specifying how the normalization should be applied. See details for more.
一个字符串，指定应如何标准化。看到更多的细节。


参数：verbose
logical indicating printing throughout the normalization.
印刷整个标准化的逻辑表示。


Details

详情----------Details----------

The set of invariant intensities between data and ref is found through an iterative process (based on the respective ranks the intensities). This set of intensities is used to generate a normalization curve by smoothing.
组不变data和ref通过一个反复的过程（根据所属职级的强度）之间的强度。这组的强度是用来生成由平滑标准化曲线。

The type argument should be one of "separate","pmonly","mmonly","together" which indicates whether to normalize only one probe type (PM,MM) or both together or separately.
type参数应该是一个"separate","pmonly","mmonly","together"这表明是否只有一个探针类型（PM，MM）或一起或单独标准化。


值----------Value----------

Respectively a AffyBatch of normalized objects, or a vector of normalized intensities, with an attribute "invariant.set" holding the indexes of the 'invariant' intensities.
AffyBatch归对象，或归强度的矢量属性“invariant.set”持有“不变”的强度指标，分别。


作者（S）----------Author(s)----------



L. Gautier <laurent@cbs.dtu.dk>
(Thanks to Cheng Li for the discussions about the algorithm.)




参考文献----------References----------

oligonucleotides arrays: model validation, design issues and standard error application. Genome Biology 2001, 2(8):research0032.1-0032.11

参见----------See Also----------

normalize to normalize AffyBatch objects.
normalize标准化AffyBatch对象。

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