R语言 samr包 samr.compute.delta.table()函数中文帮助文档(中英文对照)

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samr.compute.delta.table(samr)
samr.compute.delta.table()所属R语言包：samr

                                        Compute delta table for SAM analysis
                                         SAM分析，计算增量表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Computes tables of thresholds, cutpoints and corresponding False Discovery rates for SAM (Significance analysis of microarrays) analysis
计算的阈值，分割点和相应的虚假的发现率显着性分析的基因芯片（SAM）分析表


用法----------Usage----------



samr.compute.delta.table(samr.obj, min.foldchange=0, dels=NULL, nvals=50)



参数----------Arguments----------

参数：samr.obj
Object returned from call to samr
返回的对象调用SAMR


参数：min.foldchange
The minimum fold change desired; should be >1; default is zero, meaning no fold change criterion is applied
变化所需的最低倍;> 1，默认值是零，这意味着没有倍数的改变标准的应用


参数：dels
vector of delta values used.  Delta is the vertical distance from the 45 degree line to the upper and lower parallel lines that define the SAM threshold rule. By default, for array data, 50 values are chosen in the relevant operating change for delta. For sequencing data, the maximum number of effective delta values are chosen automatically according to the data.
使用的delta值的向量。 Delta是从45度的线的垂直距离的上部和下部的平行线，定义了SAM的阈值规则。默认情况下，数组的数据，50个值中选择相关的操作变化Delta。对于测序数据，有效的δ值的最大数目的自动选择，根据该数据。


参数：nvals
Number of delta values used.  For array data, the default value is 50. For sequencing data, the value will be chosen automatically.
使用的delta值数。对于数组数据，默认值是50。对于测序数据，该值将被自动选择。


Details

详细信息----------Details----------

Returns a table of the FDR and upper and lower cutpoints for various values of delta, for a SAM analysis.
返回一个表的FDR和上部及下部的分割点为各种值的delta，一个SAM分析。


（作者）----------Author(s)----------


Balasubrimanian Narasimhan and Robert Tibshirani



参考文献----------References----------

Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response"  PNAS 2001 98: 5116-5121, (Apr 24).

实例----------Examples----------


#generate some example data[产生一些示例数据]
set.seed(100)
x<-matrix(rnorm(1000*20),ncol=20)
dd<-sample(1:1000,size=100)

u<-matrix(2*rnorm(100),ncol=10,nrow=100)
x[dd,11:20]<-x[dd,11:20]+u

y<-c(rep(1,10),rep(2,10))

data=list(x=x,y=y, geneid=as.character(1:nrow(x)),
genenames=paste("g",as.character(1:nrow(x)),sep=""), logged2=TRUE)


samr.obj<-samr(data,  resp.type="Two class unpaired", nperms=50)

delta.table<- samr.compute.delta.table(samr.obj)


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