justRMA(affy)
justRMA()所属R语言包：affy
Read CEL files into an ExpressionSet
CEL文件到ExpressionSet读取
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Read CEL files and compute an expression measure without using an AffyBatch.
CEL文件和计算，而不使用AffyBatch的表达措施。
用法----------Usage----------
just.rma(..., filenames = character(0),
phenoData = new("AnnotatedDataFrame"),
description = NULL,
notes = "",
compress = getOption("BioC")$affy$compress.cel,
rm.mask = FALSE, rm.outliers = FALSE, rm.extra = FALSE,
verbose=FALSE, background=TRUE, normalize=TRUE,
bgversion=2, destructive=FALSE, cdfname = NULL)
justRMA(..., filenames=character(0),
widget=getOption("BioC")$affy$use.widgets,
compress=getOption("BioC")$affy$compress.cel,
celfile.path=getwd(),
sampleNames=NULL,
phenoData=NULL,
description=NULL,
notes="",
rm.mask=FALSE, rm.outliers=FALSE, rm.extra=FALSE,
hdf5=FALSE, hdf5FilePath=NULL,verbose=FALSE,
normalize=TRUE, background=TRUE,
bgversion=2, destructive=FALSE, cdfname = NULL)
参数----------Arguments----------
参数：...
file names separated by comma.
用逗号分隔的文件名。
参数：filenames
file names in a character vector.
文件名称中的字符向量。
参数：phenoData
an AnnotatedDataFrame object.
AnnotatedDataFrame对象。
参数：description
a MIAME object.
MIAME对象。
参数：notes
notes.
笔记。
参数：compress
are the CEL files compressed?
CEL文件压缩？
参数：rm.mask
should the spots marked as 'MASKS' set to NA?
斑点标示为“面具”设置为NA？
参数：rm.outliers
should the spots marked as 'OUTLIERS' set to NA?
斑点标示为“离群”设置NA？
参数：rm.extra
if TRUE, then overrides what is in rm.mask and rm.oultiers.
TRUE如果，然后覆盖在rm.mask和rm.oultiers是什么。
参数：hdf5
use of hdf5 ? (not available yet)
使用HDF5？ （尚未公布）
参数：hdf5FilePath
a filename to use with hdf5 (not available yet).
一个文件名，用HDF5（尚未公布）。
参数：verbose
verbosity flag.
冗长的标志。
参数：widget
a logical specifying if widgets should be used.
逻辑指定是否应使用部件。
参数：celfile.path
a character denoting the path ReadAffy should look for cel files.
字符表示的路径ReadAffy应该看看为CEL档案。
参数：sampleNames
a character vector of sample names to be used in the AffyBatch.
特征向量的样本名被用来在AffyBatch。
参数：normalize
logical value. If TRUE, then normalize data using quantile normalization.
逻辑值。如果TRUE，然后数据位数标准化标准化。
参数：background
logical value. If TRUE, then background correct using RMA background correction.
逻辑值。如果TRUE，然后背景下正确使用RMA背景校正。
参数：bgversion
integer value indicating which RMA background to use 1: use background similar to pure R rma background given in affy version 1.0 - 1.0.2 2: use background similar to pure R rma background given in affy version 1.1 and above
整数值，表示RMA的背景使用1：使用背景类似纯ŕRMA背景在affy 1.0版本 - 1.0.2 2：使用纯ŕRMA背景中affy版本1.1及以上类似背景
参数：destructive
logical value. If TRUE, then works on the PM matrix in place as much as possible, good for large datasets.
逻辑值。 TRUE如果，然后在的地方，尽可能，为大型数据集上下午矩阵。
参数：cdfname
Used to specify the name of an alternative cdf package. If set to NULL, then the usual cdf package based on Affymetrix' mappings will be used.
用于指定替代的CDF包的名称。如果设置为NULL，然后根据Affymetrix公司的映射通常CDF包将被用于。
Details
详情----------Details----------
justRMA is a wrapper for just.rma that permits the user to read in phenoData, MIAME information, and CEL files using widgets. One can also define files where to read phenoData and MIAME information.
justRMA是一个包装just.rma，允许用户在phenoData读，的MIAME信息，并使用部件CEL文件。还可以定义文件阅读phenoData MIAME信息。
If the function is called with no arguments justRMA(), then all the CEL files in the working directory are read, converted to an expression measure using RMA and put into an ExpressionSet. However, the arguments give the user great flexibility.
如果该函数不带参数调用justRMA()，然后在工作目录中的所有CEL文件读取，转换为一个表达式使用RMA措施，并投入ExpressionSet。然而，参数为用户提供了极大的灵活性。
phenoData is read using read.AnnotatedDataFrame. If a character is given, it tries to read the file with that name to obtain the AnnotatedDataFrame object as described in read.AnnotatedDataFrame. If left NULL and widget=FALSE (widget=TRUE is not currently supported), then a default object is created. It will be an object of class AnnotatedDataFrame with its pData being a data.frame with column x indexing the CEL files.
phenoData使用read.AnnotatedDataFrame被读取。如果一个字符，它会尝试读取该名称的文件，以获得AnnotatedDataFrame对象read.AnnotatedDataFrame。如果左NULL和widget=FALSE（widget=TRUE目前不支持），那么默认的对象被创建。这将是一个类的对象AnnotatedDataFrame其pData所是一个与x列索引CEL文件的数据框。
description is read using read.MIAME. If a character is given, it tries to read the file with that name to obtain a MIAME instance. If left NULL but widget=TRUE, then widgets are used. If left NULL and widget=FALSE, then an empty instance of MIAME is created.
description使用read.MIAME被读取。如果一个字符，它会尝试读取与该名称的文件，以取得MIAME实例。如果左NULL但是widget=TRUE，然后部件都使用。如果左NULL和widget=FALSE，则的MIAME空实例被创建。
The arguments rm.masks, rm.outliers, rm.extra are passed along to the function read.celfile.
论据rm.masks，rm.outliers，rm.extra一起传递给函数read.celfile。
值----------Value----------
An ExpressionSet object, containing expression values identical to what one would get from running rma on an AffyBatch.
ExpressionSet对象，包含表达式的值相同，什么人会从运行rmaAffyBatch。
作者（S）----------Author(s)----------
In the beginning: James MacDonald <jmacdon@med.umich.edu>
Supporting routines, maintenance and just.rma: Ben Bolstad <bmb@bmbolstad.com>
参见----------See Also----------
rma, read.affybatch
rma，read.affybatch
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-25 11:26:53
