R语言 affy包 AffyRNAdeg()函数中文帮助文档(中英文对照)

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AffyRNAdeg(affy)
AffyRNAdeg()所属R语言包：affy

                                        Function to assess RNA degradation in Affymetrix GeneChip data.
                                         评估RNA的降解，在Affymetrix基因芯片数据的功能。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Uses ordered probes in probeset to detect possible RNA degradation. Plots and statistics used for evaluation.
用途下令probeset检测可能的RNA降解的探针。用于评估的图和统计。


用法----------Usage----------


AffyRNAdeg(abatch,log.it=TRUE)
summaryAffyRNAdeg(rna.deg.obj,signif.digits=3)
plotAffyRNAdeg(rna.deg.obj, transform = "shift.scale", cols = NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：abatch
An object of class AffyBatch-class.
对象类AffyBatch-class。


参数：log.it
A logical argument: If log.it=T, then probe data is log2 transformed.
逻辑参数，然后如果log.it = T探测数据log2转化。


参数：rna.deg.obj
Output from AffyRNAdeg.
输出从AffyRNAdeg。


参数：signif.digits
Number of significant digits to show.
显着的数字显示的数目。


参数：transform
Possible choices are "shift.scale","shift.only", and "neither". "Shift" vertically staggers the plots for individual chips, to make the display easier to read. "Scale" normalizes so that standard deviation is equal to 1.
可能的选择“shift.scale”，“shift.only”，“既不是”。 “Shift”键垂直蹒跚的故事图，单个芯片，使显示屏更易于阅读。 “量表”标准化，标准差等于1。


参数：cols
A vector of colors for plot, length = number of chips.
一个图，长度，颜色的向量=数量的筹码。


参数：...
further arguments for plot function.
plot功能的进一步论据。


Details

详情----------Details----------

Within each probeset, probes are numbered directionally from the 5' end to the 3' end. Probe intensities are averaged by probe number, across all genes. If log.it=FALSE and transform="Neither", then  plotAffyRNAdeg simply shows these means for each chip. Shifted and scaled versions of the plot can make it easier to see.
探针在每个probeset，编号从5定向端至3端。探针强度平均探针的数量，在所有的基因。如果log.it =FALSE和变换=“既不是”，然后plotAffyRNAdeg了只显示这些每个芯片的手段。图的转移和扩展版本可以更容易地看到。


值----------Value----------

AffyRNAdeg returns a list with the following components:
AffyRNAdeg返回以下组件的列表：


参数：sample.names
names of samples, derived from affy batch object
样品名称，从affy一批对象派生


参数：means.by.number
average intensity by probe position
探针位置的平均强度


参数：ses
standard errors for probe position averages
探针位置平均数的标准误


参数：slope
from linear regression of means.by.number
从的means.by.number线性回归


参数：pvalue
from linear regression of means.by.number
从的means.by.number线性回归


作者（S）----------Author(s)----------


Leslie Cope



举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  data(Dilution)
  RNAdeg<-AffyRNAdeg(Dilution)
  plotAffyRNAdeg(RNAdeg)
}

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