R语言 AffyTiling包 AssociateWithInterval()函数中文帮助文档(中英文对照)

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AssociateWithInterval(AffyTiling)
AssociateWithInterval()所属R语言包：AffyTiling

                                         Returns index of association between a probe and a set of genomic intervals.
                                         返回协会指数之间的探针和一组基因间隔。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Takes four vectors representing a unique ID, chromosome, start, and end of non-overlapping regions of interest (e.g. known genes, CpG islands, etc.).  Two additional vectors representing the chromosome and start position of probes in a tiling array.  
需要四个向量代表一个唯一的ID，染色体，启动，和利益（如已知的基因，CpG岛等）的非重叠区域结束。两个额外的染色体和探针的位置开始，在平铺的数组向量。

One additional argument (optional) specifies the length of the probes.  This can be either a vector with one length for each probe, or a scalar if all probes are the same length.  If this argument is not specified, probes are assumed to be 25bp in length.
一个额外的参数（可选）指定的探针的长度。这可以是一个与每个探针的长度，或者一个标量向量，如果所有探针的长度相同。如果未指定此参数，探针是假设在长度是25个基点。

Returns a vector representing the unique ID of the interval in which each probe can be found.  Values of NA are returned for probes that are located in any of the given genomic intervals.
返回一个向量，代表可以发现，其中每个探针的时间间隔的唯一的ID。在任何给定的基因组间隔位于探针的NA值返回。


用法----------Usage----------


AssociateWithInterval(fID, fCHR, fSTART, fEND, pCHR, pSTART, pLENGTH)



参数----------Arguments----------

参数：fID
Vector of unique IDs, representing each interval searched.  
唯一的ID，代表每间隔向量搜索。


参数：fCHR
Vector of chromosomes, one for each interval searched.  
向量的染色体，每间隔一个搜查。


参数：fSTART
Vector of start positions, one for each interval searched.  
起始位置的向量，每间隔一个搜查。


参数：fEND
Vector of end positions, one for the each interval searched.  
搜查的结束位置，为每间隔一个向量。


参数：pCHR
Vector of chromosomes, one for each probes being annotated.  
向量的染色体，每个探针注明之一。


参数：pSTART
  Vector of start positions, one for each of the probes being annotated.   
向量的起始位置，每个注明探针之一。


参数：pLENGTH
Vector or scalar representing probe length.  Default is 25bp for each probe.  
探针长度的向量或标量。默认是每个探针25个基点。


作者（S）----------Author(s)----------


Charles Danko



举例----------Examples----------


data(KnownGenes)

## Returns probes that fall inside known genes.[＃返回内已知的基因探针。]
Interval <- AssociateWithInterval( KG[,1], KG[,2], KG[,4], KG[,5], Einter[,3], as.integer(Einter[,2]) )

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