R语言 affyPLM包 threestep()函数中文帮助文档(中英文对照)

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threestep(affyPLM)
threestep()所属R语言包：affyPLM

                                        Three Step expression measures
                                         三个步骤表达措施

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function converts an AffyBatch into an  ExpressionSet using a three step expression measure.
此功能转换成AffyBatch使用三个步骤表达措施ExpressionSet。


用法----------Usage----------


threestep(object, subset=NULL, normalize=TRUE, background=TRUE,
          background.method="RMA.2", normalize.method="quantile",
          summary.method="median.polish", background.param=list(),
          normalize.param=list(), summary.param=list(), verbosity.level=0)



参数----------Arguments----------

参数：object
an AffyBatch.
AffyBatch。


参数：subset
a vector with the names of probesets to be used. If NULL, then all probesets are used.
要使用的名称probesets向量。如果NULL，然后所有probesets是用来。


参数：normalize
logical value. If TRUE normalize data using quantile normalization
逻辑值。如果TRUE标准化使用分量标准化的数据


参数：background
logical value. If TRUE background correct using RMA background correction
逻辑值。如果TRUE背景下正确使用RMA背景校正


参数：background.method
name of background method to use.
背景法的名称使用。


参数：normalize.method
name of normalization method to use.
归一化方法的名称使用。


参数：summary.method
name of summary method to use.
简易方法名称使用。


参数：background.param
list of parameters for background correction methods.
背景校正方法的参数列表。


参数：normalize.param
list of parameters for normalization methods.
归一化方法的参数列表。


参数：summary.param
list of parameters for summary methods.
简易方法的参数列表。


参数：verbosity.level
An integer specifying how much to print out. Higher values indicate more verbose. A value of 0 will print nothing.
一个整数，指定多少打印出来。值越高，表明更详细的。值0将打印什么。


Details

详情----------Details----------

This function computes the expression measure using threestep
此函数计算表达式使用threestep措施


值----------Value----------

An ExpressionSet
ExpressionSet


作者（S）----------Author(s)----------


Ben Bolstad <a href="mailto:bmb@bmbolstad.com">bmb@bmbolstad.com</a>



参考文献----------References----------

Oligonucleotide Array Data: Background, Normalization and

参见----------See Also----------

expresso, rma
expresso，rma


举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  data(Dilution)

  # should be equivalent to rma()[应相当于RMA（）]
  eset <- threestep(Dilution)

  # Using Tukey Biweight summarization[使用杜克Biweight总结]
  eset <- threestep(Dilution, summary.method="tukey.biweight")

  # Using Average Log2 summarization[使用平均的log2总结]
  eset <- threestep(Dilution, summary.method="average.log")

  # Using IdealMismatch background and Tukey Biweight and no normalization.[使用IdealMismatch背景和Tukey Biweight没有标准化。]
  eset <- threestep(Dilution, normalize=FALSE,background.method="IdealMM",
                    summary.method="tukey.biweight")

  # Using average.log summarization and no background or normalization.[使用average.log总结和没有背景或标准化。]
  eset <- threestep(Dilution, background=FALSE, normalize=FALSE,
                    background.method="IdealMM",summary.method="tukey.biweight")

  # Use threestep methodology with the rlm model fit[使用RLM模型拟合方法threestep]
  eset <- threestep(Dilution, summary.method="rlm")

  # Use threestep methodology with the log of the average[使用log的平均threestep方法]
  eset <- threestep(Dilution, summary.method="log.average")

  # Use threestep methodology with log 2nd largest method[使用log的第二大方法threestep方法]
  eset <- threestep(Dilution, summary.method="log.2nd.largest")

  eset <- threestep(Dilution, background.method="LESN2")
}

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