R语言 affyPLM包 normalize.ExpressionSet()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normalize.ExpressionSet(affyPLM)
normalize.ExpressionSet()所属R语言包：affyPLM

                                        Normalization applied to ExpressionSets
                                         标准化应用到ExpressionSets

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Allows the user to apply normalization routines to ExpressionSets.
允许申请标准化例程ExpressionSets的用户。


用法----------Usage----------


  normalize.ExpressionSet.quantiles(eset, transfn=c("none","log","antilog"))
  normalize.ExpressionSet.loess(eset, transfn=c("none","log","antilog"),...)
  normalize.ExpressionSet.contrasts(eset, span = 2/3,
      choose.subset=TRUE, subset.size=5000, verbose=TRUE, family="symmetric",
      transfn=c("none","log","antilog"))
  normalize.ExpressionSet.qspline(eset, transfn=c("none","log","antilog"),...)
  normalize.ExpressionSet.invariantset(eset,prd.td=c(0.003, 0.007),
      verbose=FALSE, transfn=c("none","log","antilog"),
      baseline.type=c("mean","median","pseudo-mean","pseudo-median"))
  normalize.ExpressionSet.scaling(eset, trim=0.02, baseline=-1,
      transfn=c("none","log","antilog"))



参数----------Arguments----------

参数：eset
An ExpressionSet
ExpressionSet


参数：span
parameter to be passed to the function loess.  
参数被传递给函数loess。


参数：choose.subset
use a subset of values to establish the normalization relationship
使用值的一个子集，以建立标准化关系


参数：subset.size
number to use for subset
使用子集数


参数：verbose
verbosity flag
冗长的标志


参数：family
parameter to be passed to the function loess.
参数被传递给函数loess。


参数：prd.td
cutoff parameter (details in the bibliographic reference)
截止参数（详情在书目参考）


参数：trim
How much to trim from the top and bottom before computing the mean when using the scaling normalization
多少从修剪之前，计算平均使用缩放标准化时的顶部和底部


参数：baseline
Index of array to use as baseline, negative values (-1,-2,-3,-4) control different baseline selection methods
数组索引使用为基准，负值（-1，-2，-3，-4）控制不同的基线选择方法


参数：transfn
Transform the ExpressionSet before normalizing. Useful when dealing with expression values that are log-scale
变换前正火的ExpressionSet。处理log规模与表达式的值时有用


参数：baseline.type
A method of selecting the baseline array
选择基线阵列的方法


参数：...
Additional parameters that may be passed to the normalization routine
可能通过标准化例行的附加参数


Details

详情----------Details----------

This function carries out normalization of expression values. In general you should either normalize at the probe level or at the expression value level, not both.
此功能进行表达式的值标准化。一般来说，你应该在探针的级别或表达式的值水平标准化，而不是两个。

Typing normalize.ExpressionSet.methods should give you a list of methods that you may use. note that you can also use the normalize function on ExpressionSets. Use method to select the normalization method.
输入normalize.ExpressionSet.methods应该给你一个列表，您可以使用的方法。请注意，您还可以使用ExpressionSetsnormalize功能。使用method选择的规范化方法。


值----------Value----------

A normalized ExpressionSet.
一个规范化的ExpressionSet。


作者（S）----------Author(s)----------


Ben Bolstad, <a href="mailto:bmb@bmbolstad.com">bmb@bmbolstad.com</a>



参考文献----------References----------

Oligonucleotide Array Data: Background, Normalization and Summarization. PhD Dissertation. University of California,

参见----------See Also----------

normalize
normalize


举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  data(Dilution)
  eset <- rma(Dilution, normalize=FALSE, background=FALSE)
  normalize(eset)
}

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