expressopdnn(affypdnn)
expressopdnn()所属R语言包：affypdnn
Position Dependant Nearest Neighbors model for affy
位置家属近邻模型affy
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
A wrapper to perform the PDNN method.
包装器执行PDNN方法。
用法----------Usage----------
pdnn.scalevalue.exprSet(eset, scale.to=500)
expressopdnn(abatch,
# background correction
bg.correct = FALSE,
bgcorrect.method = NULL,
bgcorrect.param = list(),
# normalize
normalize = FALSE,
normalize.method = NULL,
normalize.param = list(),
pmcorrect.method = c("pdnn", "pdnnpredict"),
# pdnn
findparams.param = list(),
# expression values
summary.subset = NULL,
# PDNN expression values scaling
eset.normalize = TRUE,
scale.to = 500,
# misc.
verbose = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：abatch
object of AffyBatch-class.
对象AffyBatch-class。
参数：bg.correct
a boolean to express whether background correction is wanted or not.
一个布尔值表示是否被通缉或没有背景校正。
参数：bgcorrect.method
the name of the background adjustment method.
的背景下调整方法的名称。
参数：bgcorrect.param
a list of parameters for bgcorrect.method (if needed/wanted).
为bgcorrect.method参数列表（如果需要/想要）。
参数：eset
an object of ExpressionSet-class.
ExpressionSet-class对象。
参数：normalize
normalization step wished or not.
标准化的第一步愿意与否。
参数：normalize.method
the normalization method to use.
标准化的使用方法。
参数：normalize.param
a list of parameters to be passed to the normalization method (if wanted).
一个参数列表被传递到标准化的方法（如果想）。
参数：pmcorrect.method
the name of the PM adjustement method (only two choices here, default to 'pdnn').
下午调控对策方法的名称（只有两个选择，默认为“pdnn）。
参数：findparams.param
a list of parameters to be passed to find.params.pdnn.
参数列表被传递到find.params.pdnn。
参数：eset.normalize
is any normalization step on expression values to be performed.
是任何表达式的值标准化的步骤进行。
参数：scale.to
a value to scale against.
规模对一个值。
参数：summary.subset
a list of 'affyids'. If NULL, then an expression summary value is computed for everything on the chip.
一个“affyids列表。如果NULL，然后表达汇总值计算在芯片上的一切。
参数：verbose
logical value. If TRUE it writes out some messages.
逻辑值。如果TRUE写了一些消息。
Details
详情----------Details----------
expressopdnn is very similar to expresso. It is mainly a wrapper around the pre-processing steps 'background correction', "normalization", "perfect match correction" and the PDNN method to compute expression values (see the first reference for more details about the preprocessing steps and and the second reference for further details about the PDNN method).
expressopdnnexpresso非常相似。它主要是背景校正前处理步骤“，”标准化“，”绝配校正和PDNN的方法来计算表达式的值（见第一参考预处理步骤的更多细节，和周围的包装第二个参考进一步详情有关PDNN方法）。
The wrapper expresso has no way to handle easily the computation of chip-wide results that have to be used during the computeExprSet step. An easy way to overcome this was to write this simple wrapper.
包装expresso有没有办法来处理，很容易计算的全芯片的结果必须在computeExprSet一步。一个简单的方法来克服这个写这个简单的包装。
pdnn.scalevalue is performed after the expression values have computed to somehow "normalize" the values between different chips. When setting normalize to TRUE this step might be considered unnecessary (and the eset.normalize set to FALSE).
pdnn.scalevalue进行计算后的表达式的值以某种方式“标准化”，不同的芯片之间的值。当设置normalizeTRUE这一步可能会被认为是不必要的（和eset.normalize设置为FALSE）。
值----------Value----------
An object of ExpressionSet-class, with an attribute pps.warnings as returned by the method computeExprSet.
一个对象ExpressionSet-class属性pps.warnings的方法computeExprSet返回。
参见----------See Also----------
expresso and
expresso“
举例----------Examples----------
## load pre-computed parameters[＃加载预先计算参数]
data(hgu95av2.pdnn.params)
library(affydata)
data(Dilution)
## one CEL to go faster[＃一CEL走得更快]
afbatch <- Dilution[, 1]
## Take only few IDs (the 10 first)[＃以只数的ID（10首）]
ids <- ls(getCdfInfo(afbatch))[1:10]
eset <- expressopdnn(afbatch, bg.correct=FALSE,
normalize=FALSE,
findparams.param=list(params.chiptype=hgu95av2.pdnn.params,
give.warnings=FALSE),
summary.subset=ids)
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发表于 2012-2-25 11:20:19
