R语言 affyPara包 rmaPara()函数中文帮助文档(中英文对照)

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rmaPara(affyPara)
rmaPara()所属R语言包：affyPara

                                         Parallelized PMA preprocessing
                                         并行PMA的预处理

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Parallelized preprocessing function, which converts an AffyBatch into an  ExpressionSet using the robust multi-array average (RMA) expression measure.
并行预处理功能，转换成使用强大的多阵列平均（RMA）的表达措施ExpressionSet AffyBatch。


用法----------Usage----------


rmaPara(object, cluster,
        ids = NULL,
        phenoData = new("AnnotatedDataFrame"), cdfname = NULL,
        verbose = getOption("verbose"), summary.method="medianpolish")



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class AffyBatch  OR a character vector with the names of CEL files  OR a (partitioned) list of character vectors with CEL file names.
对象类AffyBatch或CEL文件的名称或一个characterCEL文件名向量（分区）列表character向量。


参数：cluster
A cluster object obtained from the function makeCluster in the SNOW package.  For default .affyParaInternalEnv$cl will be used.  
在雪包的功能makeCluster获得聚类对象。 默认.affyParaInternalEnv$cl将使用。


参数：ids
List of ids for summarization  
为总结ids名单


参数：phenoData
An AnnotatedDataFrame object.  
AnnotatedDataFrame对象。


参数：cdfname
Used to specify the name of an alternative cdf package. If set to NULL,  the usual cdf package based on Affymetrix' mappings will be used.  
用于指定替代的CDF包的名称。如果设置为NULL，通常CDF包将用于基于Affymetrix公司的映射。


参数：verbose
A logical value. If TRUE it writes out some messages. default: getOption("verbose")  
一个逻辑值。如果TRUE写了一些消息。默认：getOption（“冗长”）


参数：summary.method
The method used for the computation of expression values   
用于计算表达式的值的方法


Details

详情----------Details----------

Parallelized preprocessing function, which goes from raw probe intensities to expression values using the robust multi-array average (RMA) expression measure: Background correction: rma; Normalization: quantile; Summarization: medianpolish
并行预处理功能，从原材料探针强度表达式的值，使用强大的多阵列平均（RMA）的表达措施：背景校正：RMA;标准化：分位数;综述：medianpolish

For the serial function and more details see the function rma.
对于串行功能和更多的细节，请参阅功能rma。

For using this function a computer cluster using the SNOW package has to be started.  Starting the cluster with the command makeCluster generates an cluster object in the affyPara environment (.affyParaInternalEnv) and  no cluster object in the global environment. The cluster object in the affyPara environment will be used as default cluster object,  therefore no more cluster object handling is required.   The makeXXXcluster functions from the package SNOW can be used to create an cluster object in the global environment and  to use it for the preprocessing functions.
要开始使用此功能的计算机聚类使用雪包。启动命令makeCluster聚类产生的affyPara环境（。affyParaInternalEnv）的，并没有在全球环境中的聚类对象的聚类对象。默认聚类对象将被用作聚类对象在affyPara环境，因此没有更多的聚类对象的处理需要。 makeXXXcluster从包雪功能，可用于创建一个在全球环境中的聚类对象和使用它的预处理功能。

This is a wrapper function for preproPara.
这是一个包装函数preproPara。


值----------Value----------

An object of class ExpressionSet.
对象类ExpressionSet。


作者（S）----------Author(s)----------


Markus Schmidberger <a href="mailto:schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de">schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de</a>, Ulrich Mansmann <a href="mailto:mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de">mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de</a>



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(affyPara)
if (require(affydata)) {
  data(Dilution)

  makeCluster(3)

  esset <- rmaPara(Dilution)

  stopCluster()
}

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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