R语言 affyPara包 normalizeAffyBatchQuantilesPara()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normalizeAffyBatchQuantilesPara(affyPara)
normalizeAffyBatchQuantilesPara()所属R语言包：affyPara

                                        Parallelized quantile normalization
                                         并行位数标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Parallelized normalization of arrays based upon quantiles.
后位数的基于阵列的并行标准化。


用法----------Usage----------


normalizeAffyBatchQuantilesPara(object,
    phenoData = new("AnnotatedDataFrame"), cdfname = NULL,
    type = c("separate", "pmonly", "mmonly", "together"),
    cluster, verbose = getOption("verbose"))

normalizeQuantilesPara(cluster, type, object.length, verbose = getOption("verbose"))



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class AffyBatch  OR a character vector with the names of CEL files  OR a (partitioned) list of character vectors with CEL file names.
对象类AffyBatch或CEL文件的名称或一个characterCEL文件名向量（分区）列表character向量。


参数：phenoData
An AnnotatedDataFrame object.  
AnnotatedDataFrame对象。


参数：cdfname
Used to specify the name of an alternative cdf package. If set to NULL,  the usual cdf package based on Affymetrix' mappings will be used.  
用于指定替代的CDF包的名称。如果设置为NULL，通常CDF包将用于基于Affymetrix公司的映射。


参数：type
A string specifying how the normalization should be applied.
一个字符串，指定应如何标准化。


参数：cluster
A cluster object obtained from the function makeCluster in the SNOW package.  For default .affyParaInternalEnv$cl  will be used.  
在雪包的功能makeCluster获得聚类对象。 默认.affyParaInternalEnv$cl将使用。


参数：verbose
A logical value. If TRUE it writes out some messages. default: getOption("verbose")   
一个逻辑值。如果TRUE写了一些消息。默认：getOption（“冗长”）


参数：object.length
Number of samples, which should be normalized.  
样品的数量，应标准化。


Details

详情----------Details----------

Parallelized normalization of arrays based upon quantiles.  This method is based upon the concept of a quantile-quantile plot extended to n dimensions.  No special allowances are made for outliers.
后位数的基于阵列的并行标准化。这种方法是基于后n尺寸1位数位数图的概念。无特殊津贴离群。

For the serial function and more details see the function normalize.AffyBatch.quantiles.
对于串行功能和更多的细节，请参阅功能normalize.AffyBatch.quantiles。

For using this function a computer cluster using the SNOW package has to be started.  Starting the cluster with the command makeCluster generates an cluster object in the affyPara environment (.affyParaInternalEnv) and  no cluster object in the global environment. The cluster object in the affyPara environment will be used as default cluster object,  therefore no more cluster object handling is required.   The makeXXXcluster functions from the package SNOW can be used to create an cluster object in the global environment and  to use it for the preprocessing functions.
要开始使用此功能的计算机聚类使用雪包。启动命令makeCluster聚类产生的affyPara环境（。affyParaInternalEnv）的，并没有在全球环境中的聚类对象的聚类对象。默认聚类对象将被用作聚类对象在affyPara环境，因此没有更多的聚类对象的处理需要。 makeXXXcluster从包雪功能，可用于创建一个在全球环境中的聚类对象和使用它的预处理功能。

normalizeQuantilesPara is a internal function which will be executed at all slaves.
normalizeQuantilesPara是一个内部函数将执行所有的奴隶。




normalizeQuantilesPara Function for quantile normalization.
normalizeQuantilesPara位数标准化的功能。


值----------Value----------

An AffyBatch of normalized objects.
规范化对象AffyBatch。


作者（S）----------Author(s)----------


Markus Schmidberger <a href="mailto:schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de">schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de</a>, Ulrich Mansmann <a href="mailto:mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de">mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de</a>



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(affyPara)
if (require(affydata)) {
  data(Dilution)

  makeCluster(3)

  AffyBatch <- normalizeAffyBatchQuantilesPara(Dilution, verbose=TRUE)

  stopCluster()
}

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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