R语言 affyPara包 normalizeAffyBatchLoessIterPara()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normalizeAffyBatchLoessIterPara(affyPara)
normalizeAffyBatchLoessIterPara()所属R语言包：affyPara

                                        Parallelized partial loess normalization with permutation
                                         并行排列的部分黄土标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Parallelized partial cyclic loess normalization of arrays with permutation.
并行局部循环黄土阵列与置换的标准化。


用法----------Usage----------


normalizeAffyBatchLoessIterPara(object,
                percentPerm = 0.75,
                phenoData = new("AnnotatedDataFrame"), cdfname = NULL,
                type=c("separate","pmonly","mmonly","together"),
                subset = NULL,
                epsilon = 10^-2, maxit = 1, log.it = TRUE,
                span = 2/3, family.loess ="symmetric",
                cluster, verbose = getOption("verbose"))



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class AffyBatch  OR a character vector with the names of CEL files  OR a (partitioned) list of character vectors with CEL file names.
对象类AffyBatch或CEL文件的名称或一个characterCEL文件名向量（分区）列表character向量。


参数：percentPerm
Percent of permutations to do.
％的排列做。


参数：phenoData
An AnnotatedDataFrame object.  
AnnotatedDataFrame对象。


参数：cdfname
Used to specify the name of an alternative cdf package. If set to NULL,  the usual cdf package based on Affymetrix' mappings will be used.  
用于指定替代的CDF包的名称。如果设置为NULL，通常CDF包将用于基于Affymetrix公司的映射。


参数：type
A string specifying how the normalization should be applied.
一个字符串，指定应如何标准化。


参数：subset
a subset of the data to fit a loess to.
适合黄土到的数据的一个子集。


参数：epsilon
a tolerance value (supposed to be a small value - used as a stopping criterium).
公差值（应该是一个很小的值 - 作为停止绕圈）。


参数：maxit
maximum number of iterations.
最大迭代次数。


参数：log.it
logical. If TRUE it takes the log2 of mat
逻辑。如果TRUE垫的log2


参数：span
parameter to be passed the function loess
参数传递函数黄土


参数：family.loess
parameter to be passed the function loess. "gaussian" or "symmetric" are acceptable values for this parameter.
参数传递函数的黄土。 “高斯”或“对称”是此参数的可接受值。


参数：cluster
A cluster object obtained from the function makeCluster in the SNOW package.  For default .affyParaInternalEnv$cl  will be used.  
在雪包的功能makeCluster获得聚类对象。 默认.affyParaInternalEnv$cl将使用。


参数：verbose
A logical value. If TRUE it writes out some messages. default: getOption("verbose")   
一个逻辑值。如果TRUE写了一些消息。默认：getOption（“冗长”）


Details

详情----------Details----------

Parallelized partial cyclic loess normalization of arrays with permutation.  This is a new kind of normalization based on cyclic loess normalization.
并行局部循环黄土阵列与置换的标准化。这是一个标准化的一种新的基于循环黄土标准化。

In the partial cyclic loess normalization the loess normalization will be done only at the slaves with the arrays at the slaves.  Therefore we only have to do loess normalization for some pairs and have a big saving of time. But this is no enough for good normalization.  We have to do some iterations of array permutation between the slaves and again loess normalization at the slaves.  If we did about 75 percent of the complete cyclic loess normalization we can achieve same results and save computation time.
在局部循环黄土标准化的黄土标准化将只能在奴隶与奴隶的阵列。因此，我们只有做一些对黄土标准化，并有一个大的时间节省。但是，这是没有足够的良好的标准化。我们要做的阵列之间的奴隶和奴隶再次黄土标准化置换一些迭代。如果我们做了大约75％完整的循环黄土标准化，我们可以实现相同的结果，并节省计算时间。

For the similar serial function and more details to loess normalization see the function normalize.AffyBatch.loess.
对于类似的串行功能和更多的细节，以黄土标准化的功能normalize.AffyBatch.loess。

For using this function a computer cluster using the SNOW package has to be started.  Starting the cluster with the command makeCluster generates an cluster object in the affyPara environment (.affyParaInternalEnv) and  no cluster object in the global environment. The cluster object in the affyPara environment will be used as default cluster object,  therefore no more cluster object handling is required.   The makeXXXcluster functions from the package SNOW can be used to create an cluster object in the global environment and  to use it for the preprocessing functions.
要开始使用此功能的计算机聚类使用雪包。启动命令makeCluster聚类产生的affyPara环境（。affyParaInternalEnv）的，并没有在全球环境中的聚类对象的聚类对象。默认聚类对象将被用作聚类对象在affyPara环境，因此没有更多的聚类对象的处理需要。 makeXXXcluster从包雪功能，可用于创建一个在全球环境中的聚类对象和使用它的预处理功能。

In the loess normalization the arrays will compared by pairs. Therefore at every node minimum two arrays have to be!
在黄土标准化的阵列将成对比较。因此，在每一个节点的最低两个数组必须！


值----------Value----------

An AffyBatch of normalized objects.
规范化对象AffyBatch。


作者（S）----------Author(s)----------


Markus Schmidberger <a href="mailto:schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de">schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de</a>, Ulrich Mansmann <a href="mailto:mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de">mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de</a>



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(affyPara)
if (require(affydata)) {
  data(Dilution)

  makeCluster(3)

  AffyBatch <- normalizeAffyBatchLoessIterPara(percentPerm=0.75, Dilution, verbose=TRUE)

  stopCluster()
}

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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