R语言 affyPara包 bgCorrectPara()函数中文帮助文档(中英文对照)

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bgCorrectPara(affyPara)
bgCorrectPara()所属R语言包：affyPara

                                        Parallelized Background Correction
                                         并行化的背景校正

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Parallelized functions for background correction of probe intensities.
背景校正探针强度的并行功能。


用法----------Usage----------


bgCorrectPara(object,
        phenoData = new("AnnotatedDataFrame"), method,
        cluster, verbose = getOption("verbose"))



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class AffyBatch OR  a character vector with the names of CEL files  OR a (partitioned) list of character vectors with CEL file names.
对象类AffyBatch或CEL文件的名称或一个characterCEL文件名向量（分区）列表character向量。


参数：phenoData
An AnnotatedDataFrame object  
一个AnnotatedDataFrame对象


参数：method
A character that defines what background correction method will be used.  Available methods are given by bg.correct.methods.  The name of the method to apply must be double-quoted.  
一个character定义将使用背景校正方法。可用的方法是由bg.correct.methods。应用该方法的名称必须是双引号。


参数：cluster
A cluster object obtained from the function makeCluster in the SNOW package.  For default .affyParaInternalEnv$cl  will be used.  
在雪包的功能makeCluster获得聚类对象。 默认.affyParaInternalEnv$cl将使用。


参数：verbose
A logical value. If TRUE it writes out some messages.  
一个逻辑值。如果TRUE写了一些消息。


Details

详情----------Details----------

bgCorrectPara is the parallelized function for background correction of probe intensities.  For serial function an more details see bg.correct.
bgCorrectPara背景校正探针强度的并行功能。对于串行功能的更多细节见bg.correct。

For using this function a computer cluster using the SNOW package has to be started.  Starting the cluster with the command makeCluster generates an cluster object in the affyPara environment (.affyParaInternalEnv) and  no cluster object in the global environment. The cluster object in the affyPara environment will be used as default cluster object,  therefore no more cluster object handling is required.   The makeXXXcluster functions from the package SNOW can be used to create an cluster object in the global environment and  to use it for the preprocessing functions.
要开始使用此功能的计算机聚类使用雪包。启动命令makeCluster聚类产生的affyPara环境（。affyParaInternalEnv）的，并没有在全球环境中的聚类对象的聚类对象。默认聚类对象将被用作聚类对象在affyPara环境，因此没有更多的聚类对象的处理需要。 makeXXXcluster从包雪功能，可用于创建一个在全球环境中的聚类对象和使用它的预处理功能。


值----------Value----------

An AffyBatch for which the intensities have been background adjusted. For some methods (RMA), only PMs are corrected and the MMs remain the same.
一个AffyBatch为背景的强度已调整。 （RMA）的一些方法，只有项目经理纠正和MMS保持不变。


作者（S）----------Author(s)----------


Markus Schmidberger <a href="mailto:schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de">schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de</a>, Ulrich Mansmann <a href="mailto:mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de">mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de</a>



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(affyPara)
if (require(affydata)) {
  data(Dilution)

  makeCluster(3)

  ##bgc will be the bg corrected version of Dilution [＃BGC将BG纠正稀释的版本]
  bgc <- bgCorrectPara(Dilution, method="rma", verbose=TRUE)

  stopCluster()
}

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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