R语言 affyILM包 ilm-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ilm-methods(affyILM)
ilm-methods()所属R语言包：affyILM

                                         Methods to access the results of ilm.
                                         方法来访问ILM的结果。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These methods allow to access the results of the function ilm stored in an object of type ILM.
这些方法允许ilm类型ILM对象存储访问函数的结果。


用法----------Usage----------


getIntens(object,y)
getProbeConcs(object,y)
getExprSummary(object,y,z)
getSDSummary(object,y,z)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of type ILM  
对象的类型ILM


参数：y
A character string or vector of probe set name(s)
一个探针集名称的字符串或向量（）


参数：z
A character string specifying the type of set that is requested
一个字符串，指定请求集类型


Details

详情----------Details----------

"getIntens()" is used to access the intensity values.
"getIntens()"用于访问的强度值。

The probe concentrations are calculated on behalf of the Langmuir model. For each probe  (of a probeset) the concentration is estimated in picoMolar and can be accessed via "getProbeConcs()". Medianpolish, Transposed Medianpolish or Median can then be used to compute probeset summarized expression values.
代表Langmuir模型计算探针浓度。每个探针（一个probeset）浓度估计在皮摩尔可以通过"getProbeConcs()"访问。 ，换位Medianpolish或中位数medianpolish，然后可以使用计算probeset总结表达式的值。

The results can be accessed via "getExprSummary()" and the associated standard deviation is accessed via "getSDSummary()". z, if specified, can take two values : Probe.Set and Cluster.Set (the last one has been created for the definition of cluster sets in the last generation of arrays, whole-gene).
可通过"getExprSummary()"和相关的标准偏差是通过"getSDSummary()"访问的结果。 Z，如果指定的话，可以取两个值：Probe.Set Cluster.Set（最后一个已在上一代的阵列，整个基因簇集的定义创建）。

If y=NULL, the results for all probe sets are shown.
如果Y = NULL，结果显示所有探针集。


值----------Value----------

A "matrix"
一个"matrix"

An object of the class ILM when subsetting "["
一个对象的类当子集ILM"["


作者（S）----------Author(s)----------


Myriam Kroll, Fabrice Berger and Enrico Carlon



参见----------See Also----------

ILM
ILM


举例----------Examples----------


## Locate and read in CEL-file[＃找到并读取CEL  - 文件]
path <- system.file("rawData", "FusionSDK_HG-Focus", "HG-Focus", "2.Calvin",
    package="AffymetrixDataTestFiles")
file1 <- file.path(path,"HG-Focus-1-121502.CEL")
## Calculation of background estimates and expression values (concentrations)[＃背景估计和表达值（浓度计算）]
result <- ilm(file1)
## Background intensities of all probes[所有探针的背景强度]
getIntens(result)
## Background intensities for one or more probesets[一个或多个probesets＃背景强度]
getIntens(result,"203561_at")
getIntens(result,c("203561_at","40359_at"))

## Get concentrations of all probesets[＃获取所有probesets的浓度。]
getProbeConcs(result)
## Get concentrations (in picoMolar)[＃获取浓度（在皮摩尔）]
getProbeConcs(result,"203561_at")
getProbeConcs(result,c("203561_at","40359_at"))

## Subsetting[＃子集]
result["203561_at"]


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