R语言 AffyExpress包 result2html()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

result2html(AffyExpress)
result2html()所属R语言包：AffyExpress

                                        output differentially expressed genes to a HTML file
                                         输出的差异表达基因的一个HTML文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

output differentially expressed genes to a HTML file based on a result table from the select.sig.gene function.  It contais the  following columns:  Probe, Symbol, Description, GenBank, LocusLink, Log2ratio, and p value.
输出的差异表达基因的一个HTML文件的基础上从select.sig.gene函数的结果表。它contais列如下：探针，符号，描述，序列，LocusLink，Log2ratio，p值。


用法----------Usage----------


result2html(cdf.name, result, filename="result")



参数----------Arguments----------

参数：cdf.name
cdf name which can be obtained from the annotation function
CDF名称可从注释功能


参数：result
a data frame returned from the gene.select function
一个数据框返回从gene.select功能


参数：filename
a file name for the output
为输出文件的名称


作者（S）----------Author(s)----------


Xiwei Wu <a href="mailto:xwu@coh.org">xwu@coh.org</a>, Xuejun Arthur Li <a href="mailto:xueli@coh.org">xueli@coh.org</a>



举例----------Examples----------


data(testData)
normaldata<-pre.process("rma",testData)
## Create design matrix[＃创建设计矩阵]
design<-make.design(pData(normaldata), "group")

## Create contrast matrix - Compare group "A" vs. "C"[＃创建对比矩阵 - 比较组“A”与“C”的]
contrast<-make.contrast(design, "A", "C")

## Identify differentially expressed gene by using LIMMA method[＃确定使用LIMMA方法的差异表达基因]
result<-regress(normaldata, design, contrast, "L")

## Select differentially expressed gene based on p &lt;0.05 and [＃选择差异表达基因在p <0.05]
## fold change &gt;=log2(1.5)[＃> =为log2（1.5倍）]
select<-select.sig.gene(result, p.value=0.05, m.value=log2(1.5))

## Output differentially expressed gene to a example.html[＃输出差异表达基因1 example.html的]
result2html(annotation(normaldata), select, "example")

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注：
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